ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Resultados
encuentra el motivo AWPYV en un marco de lectura diferente (+2) al que está anotado en
SWISSPROT (+3) y en una posición comparable a la del motivo LGHMF. Dado que con esta
corrección el motivo altamente conservado coincide en todas las proteínas de la familia, se
sugiere que la diferencia en este motivo en PSBQ_ONOVI sea debido a un error de anotación.
La secuencia con el motivo modificado se anota en el alineamiento como PsbQmod_ONOVI.
De modo general, en toda la familia de proteínas PsbQ se encuentran aminoácidos
totalmente conservados, como es el caso del único triptófano (W74) de todas las secuencias.
Este aminoácido aromático tiene la característica de que absorbe radiación UV a una longitud de
onda muy específica (295 nm) y emite fluorescencia. Dicha emisión es dependiente de su
entorno molecular y, por tanto, un estudio de fluorescencia de la proteína permitiría conocer el
entorno estructural en el que se encuentra este aminoácido. Otros aminoácidos/motivos de
secuencia conservados son: G17; R28D29; L32; R53; L81R82; L-R-[F,Y]-D-L (88-92); K99; K105;
L-D-[F,H,Y,L]-A (124-127); K130; K137; L150, que podrían tener un papel funcional y/o
estructural importante en PsbQ .
Además, se pueden identificar aminoácidos determinantes de familias (“tree-
determinants”) que son posiciones conservadas dentro de las subfamilias pero diferentes entre
éstas (Tabla V) y pueden ser importantes en relación con característicias específicas de la
subfamilia como, por ejemplo, diferente interacción con otras subunidades.
Tabla V. Posiciones determinantes de familia
en PsbQ estudiadas según la Figura 27. a En la
posición 59, se sustituye un residuo con carga
negativa por un residuo con carga positiva.
POSICIÓN
PLANTAS
SUPERIORES
ALGAS
VERDES
9 G D
11 P R
18 L F
39 R G
43-44 QP AR
50 A T
57 A E
59 - a
+ a
85 A V
87 Y T
90 Y F
108 L A
115-117 KLF EFI
89