ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

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Resultados 120 Tabla XV. Interacciones favorables entre la región N-terminal y la región C-terminal. Átomo 1 Átomo 2 Distancia (Å) NH_Arg51 O_Gln41 2.92 CG_Pro4 CB_Ser83 3.21 CE_Phe38 CA_Leu80 3.70 CD1_Leu40 CB_Tyr87 3.54 CB_Pro42 CE1_Tyr87 3.72 CD1_Leu43 CZ_Arg51 3.16 Como se comentó anteriormente, la secuencia de PsbQ de plantas superiores consta de un conjunto de prolinas y glicinas en serie. En la estructura tridimensional se comprueba que la zona Pro9-Pro12 forma una hélice a izquierdas que se identifica con la estructura secundaria denominada PPII ("polyproline type-II") (Figura 47). Esta conformación estructural se caracteriza por formar hélices triángulares, siendo sus parámetros estructurales máximos de φ= -75 º, ψ= 145 º, y suelen ser regiones cortas de estructura con una media de 3 residuos por giro (Tabla XVI) (Adzhubei & Sternberg, 1999). Esta conformación presente en PsbQ está estabilizada por la formación de puentes de hidrógeno entre los enlaces carbonilo de los residuos de prolina y moléculas de agua del disolvente. Tabla XVI. Parámetros estructurales correspondientes a la estructura PPII en PsbQ. Residuo φ ψ Pro9 -57 147 Pro10 -57 151 Pro11 -73 158 Pro12 -82 164 El estudio de la región Pro44-Pro47 indica que no forma este tipo de estructura PPII y parece estar más relacionada con el giro antes del comienzo de la hélice 1. Es de destacar la acumulación de residuos prolina, residuos Pro9-Pro12, Pro44-Pro45 y Pro 97, en uno de los extremos de la estructura (Figura 48, color violeta). Todos los enlaces peptídicos, incluyendo
Resultados los que involucran a las prolinas, tienen configuración trans, como se deduce de un estudio del ángulo omega (Ω=180 º). A B Figura 47. (A) Representación de la estructura en forma de hélice a izquierdas (PPII) que adoptan los residuos Pro 9-12. (B) Vista perpendicular de la estructura con forma triangular. Figura 48. Vista de la estructura resuelta de PsbQ en la cual se resalta la acumulación de residuos de prolina (color violáceo) en uno de sus extremos. Estos residuos no interaccionan entre sí. 121
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Apéndice Apéndice, D. Alineamient
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Apéndice, F . Alineamiento de secu
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