ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

6.5. Análisis de datos.
6.5.1. Desnaturalización por agentes químicos.
Materiales y Métodos
Para un modelo de dos estados en el cual sólo están presentes el estado nativo y el estado
desnaturalizado (N↔D), se ha descrito que la energía libre asociada al proceso de
desplegamiento químico, ∆GD, se relaciona linealmente con la concentración de agente
desnaturalizante en la región de transición, en lo que se conoce como Método de Extrapolación
Lineal (L.E.M.), según la ecuación (Pace, 1986):
∆G
D
= ∆G
H2O
D
−m⋅
[ GdnHCl]
siendo m la pendiente de la recta obtenida al representar ∆GD en función de la concentración de
agente desnaturalizante en la zona de transición, estando su valor relacionado con el cambio en
el área de exposición al disolvente de los residuos apolares; y, ∆GD H2O , la estabilidad
conformacional de la proteína, en ausencia de agente desnaturalizante, obtenida por
extrapolación lineal. La energía libre de desplegamiento, ∆GD, y el valor de la propiedad
espectroscópica medida, y, están relacionadas según la constante de equilibrio, KD, según la
ecuación:
( y − y)
/ ( y−
y ) = exp(
− ∆G
/ RT )
K D N
D
D
[17]
= [18]
siendo yN y yD los valores de elipticidad o intensidad de emisión de fluorescencia de las formas
nativas y desnaturalizadas de la proteína, respectivamente, y R la constante de los gases. Los
valores yN e yD mostraron una dependencia lineal con la concentración de GdnHCl según,
yi = yi
+ si
⋅
0
[ GdnHCl]
siendo yi 0 y s i los valores del parámetro correspondiente en ausencia de agente desnaturalizante
para el estado i y su dependencia con la concentración de GdnHCl, respectivamente. La
sustitución de los valores de yN e yD obtenidos por la ecuación [19] permite determinar los
parámetros termodinámicos m y ∆GD H2O según un ajuste por regresión no lineal por mínimos
cuadrados de los datos experimentales a la ecuación [18].
[19]
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