ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

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Resultados
La búsqueda de homólogos remotos (20-30 % de similitud) se realizó con PSI-BLAST y
HMMer donde se encontraron dos nuevas proteínas, Q9SGH4 y Q9XI73, ambas de Arabidopsis
thaliana. Estas proteínas no tienen función ni estructura asignada aunque sí se predice su
localización en el lumen del tilacoide (Schubert et al, 2002). Además de estas proteínas en
eucariotas, las búsquedas relacionaron a la familia de PsbQ con proteínas hipotéticas de
cianobacterias (e.g. P73048 Synechocystis sp. PCC 6803; AP003585 Nostoc sp. PCC 7120; véase
apartado 1 en Resultados y Apéndice I, Ea). La proteína en Synechocystis sp. PCC 6803 se ha
identificado bioquímicamente en preparaciones de PSII, aunque no se conoce ni su localización ni
su función con respecto al PSII (Kashino et al, 2002). No se ha encontrado asociada al PSII en
ningún estudio ni por microscopía electrónica ni por cristalografía de rayos-X (Ferreira et al,
2004) (Bumba & Vacha, 2003). Las búsquedas, por último, relacionan a la familia de PsbQ con el
extremo N-terminal de la familia de proteínas denominada TLP40 (Apéndice I, Eb) (Fulgosi et
al, 1998).
Figura 28. Alineamiento de la superfamilia de PsbQ formada por la familia de PsbQ de plantas superiores,
algas verdes y algas no verdes; la familia de proteínas de función desconocida en plantas superiores
Q9XI73 y Q9SGH4; y la familia de proteínas de función desconocida de cianobacterias(ANASP, Nostoc
sp. PCC 7120; SYNY3, Synechocystis sp. PCC 6803; TRIER, Trichodesmium erythraeum; SYNWH,
Synechococcus sp. WH8102). La representación en el alineamiento de las subfamilias de las proteínas
Q9XI73 y Q9SGH4 se ha completado con secuencias reconstruidas a partir de la base de datos de
"etiquetas de secuencia expresadas" (EST, http://www.ncbi.nlm.nih/gov/dbEST/). Esta figura se
complementa con la presentada en el Apéndice I, E