ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Materiales y Métodos
barrido de 20 nm/min, ancho de banda espectral de 1 nm y tiempo de respuesta de 4 segundos.
Los valores de elipticidad se convirtieron en valores de elipticidad media por residuo según la
masa molecular (16653 Da) y los residuos por mol (150 aminoácidos) de PsbQ recombinante
mediante la ecuación:
[ ]
θ obs ⋅ MRW
=
10⋅ d ⋅C
θ λ [9]
siendo [θ] λ el valor de la elipticidad molar a la longitud de onda λ; θ obs, el valor de elipticidad
observado; MRW, la masa por residuo medio; d, el paso óptico; y, C, la concentración de
proteína.
El estudio de la estructura secundaria de PsbQ a partir de su espectro de CD se realizó
mediante el uso de bases de datos de espectros de CD de proteínas de referencia formadas por
elementos conocidos de estructura secundaria. Se combinaron los resultados procedentes de
varios programas, que utilizan diferentes funciones matemáticas para construir el grupo de
proteínas de referencia (Johnson, 1990) (Greenfield, 1996):
-LINCOMB, incorpora el método de regresión no lineal por mínimos cuadrados de Perczel et
al (Perczel et al, 1992) y usa el grupo de datos de referencia de Yang et al (Yang et al,
1986).
-SELCON3 (Sreerama & Woody, 2000), que incorpora el método de auto-consistencia junto
con un algoritmo de descomposición del valor singular (SVDA) para asignar la estructura
secundaria de la proteína.
-CDSSTR (Johnson, 1999), que implementa un método de selección de variables realizando
todos los cálculos posibles usando un número fijo de proteínas a partir de un conjunto
de referencia.
-CONTIN/LL, que implementa el algoritmo de regresión contraída de Provencher y Glockner
(Provencher & Glockner, 1981) junto con el modelo linealizado localmente de Van Stokkum
et al (van Stokkum et al, 1990) para seleccionar un conjunto de proteínas a partir de la
base de datos de referencia
-CDNN (Dalmas et al, 1994), método de deconvolución basado en redes neuronales que aplican
el algoritmo de propagación inversa.
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