ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Materiales y Métodos
un índice de fiabilidad. En la mayoría de los programas, se da un valor llamado “z” (“z-score”) que
mide la diferencia entre la puntuación de un plegamiento determinado con respecto a todos los
plegamientos posibles, según la librería de plegamientos, teniendo en cuenta la desviación
estandar de la distribución de puntuación; en el caso de 3DPSSM, esta evaluación es en forma
del valor “e” (“e-value”). Los métodos que se escogieron representan las estrategias actuales de
threading, basados en principios y bibliotecas de estructuras claramente diferentes:
-3DPSSM (Kelley et al, 2000): algoritmo de reconocimiento de plegamiento de una proteína (o
alineamiento múltiple) basado en perfiles de secuencia 1D (construidos a partir de
homólogos cercanos) y 3D (perfiles más generales, con homólogos más remotos) junto
con información sobre la estructura secundaria de la proteína y potenciales de
solvatación (http://www.bmm.icnet.uk/~3dpssm/html/ffrecog_simple.html). La
puntuación para cada estructura viene en forma de un e-value y si el valor es
significativo (95-50% de certeza) aparece coloreado de acuerdo con una clave de
colores al principio del resultado.
-THREADER2 (Jones et al, 1992): algoritmo de programación dinámica que alinea una
secuencia desconocida con coordenadas conocidas de cada una de las secuencias que
forman una librería de plegamientos, teniendo en cuenta interacciones entre pares de
residuos. La documentación del programa indica que:
z>3.5 es muy significativo y probablemente sea la predicción correcta
z>2.9 significativo y con alta probabilidad de que sea correcta
2.7