ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

More documents

Recommendations

Info

60 Materiales y Métodos añadieron cada una de las disoluciones precipitantes (500 µl). Sobre cada uno de los pocillos se selló con silicona un cubreobjetos invertido, donde se dispuso una mezcla de 1 µl de disolución del reservorio con 1 µl de proteína (20 mg/mL). Las experiencias se realizaron a dos temperaturas, 4 y 20 ºC, lo que supone explorar más de 180 condiciones. 5.2. Recogida de datos cristalográficos. Un cristal se puede considerar como una rendija de difracción formado por moléculas o átomos con una distribución regular y repetitiva conocida como celda unidad. Ésta se define con tres ejes denominados a, b y c, y tres ángulos interaxiales, α, β y γ (Figura 19). Se define la unidad asimétrica como el conjunto mínimo de moléculas cuya repetición genera la totalidad del contenido de la celda unidad. Los cristales actúan como rejillas de difracción respecto a un haz de rayos X, y la relación entre el espaciado de filas de planos equivalentes de átomos (d), la longitud de onda incidente (λ) y el ángulo del rayo emergente que se observa (θ), viene determinada por la ley de Bragg (Hermoso & Martínez-Ripoll, 2003), sen nλ / 2d θ = [13] de manera que la difracción de rayos-X actúa como si se tratara de una reflexión óptica (Figura 19). La obtención de datos cristalográficos se realizó mediante la técnica de crio- cristalografía, que permite la medida de los datos de difracción a baja temperatura (del orden de 100 K) de modo que se minimiza el daño al cristal por la radiación, al tiempo que se evita la formación de una capa de hielo alrededor del cristal, obteniéndose así mejores datos estructurales (Figura 20). Tras equilibrar el cristal con una disolución crioprotectora formada por mezcla de la disolución madre con 20 % glicerol, éste se capturó con un pequeño lazo de fibra. El lazo con el cristal se montó rápidamente en la cabeza goniométrica de la cámara del detector del tipo Image Plate de MARRSEARCH, se alineó ópticamente y centró, y se fijó la distancia al detector en 89.9 mm para la recogida de los datos de alta resolución y de 120 mm para la recogida de los datos de baja resolución. El cristal se mantuvo en contacto con un flujo laminar de gas de nitrógeno a 120 K durante todo el proceso de recogida de datos. Como radiación se empleó la correspondiente al pico K α (λ=1.5418 Å) del cobre usando como generador un ánodo rotatorio de tipo Enraf-Nonius. Los datos de difracción se adquirieron en un barrido completo de 209º de rotación del cristal, tomándose un total de 405 imágenes de difracción
Materiales y Métodos cada una de ellas correspondiente a un giro de del cristal de 1º. Los tiempos de exposición fueron de 15’ para los datos de alta resolución y de 5’ para los datos de baja resolución. Las reflexiones se recogieron en un detector electrónico MAR345 de tipo Imaging Plate y fueron procesados con el programa MOSFLM (Leslie, 1994). Las reflexiones de los diferentes conjuntos de datos se agruparon y escalaron con el programa SCA<strong>LA</strong> (Bailey, 1994). criterios: Para evaluar la calidad de los datos recogidos por rayos-X se utilizaron los siguientes i) Completitud del espectro de difracción. Debe ser mayor del 90 % en cada concha de resolución. A B A B C C ii) Redundancia, indica cuántas veces se midió cada reflexión. a Figura 19. (A) Perspectiva de una red cristalina. Los puntos de la red aparecen como esferas que aparecen unidos por líneas que definen los ejes imaginarios de la celdilla unidad. Una de las celdillas aparece coloreada en azul. (B) Representación de una celdilla unidad en la que se indican los tres ejes ( a, b, c) y los tres ángulos interaxiales( α, β, γ). (C) Ley de Bragg (Imagen cedida por Dr. J. A. Hermoso) iii) Factor de desacuerdo entre las reflexiones relacionadas por simetría. Viene definido por la ecuación: Rsym = ∑ I − < I > / ∑< I > . β γ α c b 61
Page 1:
ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍ
Page 5 and 6:
AGRADECIMIENTOS Con estas líneas q
Page 7:
El Ministerio de Educación y Cienc
Page 11 and 12:
ABREVIATURAS INTRODUCCIÓN 1 1. Pro
Page 13 and 14:
6.4. Calorimetría diferencial de b
Page 15 and 16:
1D Monodimensional 3D Tridimensiona
Page 17:
INTRODUCCIÓN
Page 20 and 21:
4 Introducción de la fotosíntesis
Page 22 and 23:
6 Introducción Hace tres décadas
Page 24 and 25:
8 Introducción oxida a una molécu
Page 26 and 27: 10 Introducción polifenol oxidasa,
Page 28 and 29: 12 Introducción En el núcleo de e
Page 30 and 31: 14 Introducción Como en otros RC,
Page 32 and 33: 16 Introducción 2.3.3. Importancia
Page 34 and 35: 18 Introducción extrínsecas, en e
Page 36 and 37: 20 Introducción eficiente y una es
Page 38 and 39: 22 Introducción diferencias entre
Page 40 and 41: 24 Introducción Theg, 1996). Adem
Page 42 and 43: 26 Introducción A A B B C C A B C
Page 44 and 45: 28 Introducción la proteína PsbO
Page 47: Objetivos La presente Tesis Doctora
Page 51 and 52: Materiales y Métodos 1. Análisis
Page 53 and 54: Materiales y Métodos 1994). Las me
Page 55 and 56: Materiales y Métodos llamó JR2592
Page 57 and 58: Tris-HCl 120 mM, pH 6.8 SDS 0.1% p/
Page 59 and 60: Materiales y Métodos permanece inv
Page 61 and 62: Materiales y Métodos respectivamen
Page 63 and 64: Materiales y Métodos -PROF (Rost,
Page 65 and 66: Materiales y Métodos barrido de 20
Page 67 and 68: Materiales y Métodos de 32 mm de d
Page 69 and 70: Materiales y Métodos un índice de
Page 71 and 72: Materiales y Métodos - El valor de
Page 73 and 74: 4.3. Espectroscopía de emisión de
Page 75: Materiales y Métodos el fluorófor
Page 79 and 80: Materiales y Métodos La resolució
Page 81 and 82: Materiales y Métodos anteriormente
Page 83 and 84: Materiales y Métodos 6.3. Desnatur
Page 85 and 86: 6.5. Análisis de datos. 6.5.1. Des
Page 87: Materiales y Métodos en dos estado
Page 91 and 92: 1. Análisis evolutivo de las prote
Page 93 and 94: Resultados Tabla III. Detección de
Page 95 and 96: Cianobacteria Procariotas Oxi-fotob
Page 97 and 98: 2. Preparación y caracterización
Page 99 and 100: 2.2. Expresión de la proteína Psb
Page 101 and 102: Resultados gradiente radial mono-ex
Page 103 and 104: Resultados 3. Estudio de la estruct
Page 105 and 106: Resultados encuentra el motivo AWPY
Page 107 and 108: 770 0.1 801 906 TRICHOTOMY 985 893
Page 109 and 110: Resultados residuos) entre las hél
Page 111 and 112: Resultados métodos. Con estos dato
Page 113 and 114: Resultados que corresponde al solap
Page 115 and 116: Resultados base de datos FSSP (Holm
Page 117 and 118: Resultados Esta familia estructural
Page 119 and 120: Resultados bacteria y su función e
Page 121 and 122: Resultados ninguna estructura real
Page 123 and 124: Resultados tirosinas al disolvente
Page 125 and 126: 4.3.2. Experimentos de atenuación
Page 127 and 128:
Agente atenuador Fuerza iónica KSV
Page 129 and 130:
Resultados mm y tenían además bue
Page 131 and 132:
Resultados isomorfos a los obtenido
Page 133 and 134:
Resultados El primer modelo constru
Page 135 and 136:
Resultados Figura 46. Estructura 3D
Page 137 and 138:
Resultados los que involucran a las
Page 139 and 140:
A B Resultados Figura 49. Cada mol
Page 141 and 142:
N-t Resultados Figura 51. Distribuc
Page 143 and 144:
6. Estabilidad conformacional de Ps
Page 145 and 146:
Resultados de un punto isodicroico
Page 147 and 148:
Resultados En cuanto a los experime
Page 149 and 150:
6.4 Influencia del pH en la estabil
Page 151 and 152:
Resultados La dependencia de ∆Hca
Page 153:
DISCUSIÓN
Page 156 and 157:
Discusión etapas evolutivas más t
Page 158 and 159:
Discusión Cu 2+ en relación con e
Page 160 and 161:
Discusión 144 El centro de la band
Page 162 and 163:
Discusión propuesto para PsbQ seg
Page 164 and 165:
Discusión de los residuos de proli
Page 166 and 167:
Discusión que impidiera a este ion
Page 168 and 169:
Discusión 152 El estudio de la est
Page 170 and 171:
Discusión pK a han cambiado, por e
Page 172 and 173:
Discusión energía lumínica llega
Page 175:
Conclusiones 1. La proteína PsbQ e
Page 179 and 180:
Bibliografía Adelroth, P., Lindber
Page 181 and 182:
Branden, C. & Tooze, J. (1999) Intr
Page 183 and 184:
Bibliografía Enami, I., Kikuchi, S
Page 185 and 186:
Bibliografía Hammarstrom, L., Sun,
Page 187 and 188:
Bibliografía Jelesarov, I. & Bossh
Page 189 and 190:
Bibliografía Larsson, C., Jansson,
Page 191 and 192:
Bibliografía Nishiyama, Y., Los, D
Page 193 and 194:
Bibliografía Ragone, R., Colonna,
Page 195 and 196:
Bibliografía Staehelin, A. (1996)
Page 197:
Bibliografía Yamamoto, Y. & Kubota
Page 201 and 202:
Apéndice En las figuras siguientes
Page 203 and 204:
Apéndice Apéndice, B. Alineamient
Page 205 and 206:
Apéndice Apéndice, D. Alineamient
Page 207:
Apéndice, F . Alineamiento de secu
show all

ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?