ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Resultados
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En las estructuras de 4 α-hélices, las regiones de los lazos suelen estar en las
superficies moleculares y suelen ser ricas en residuos polares e hidrofílicos y así formar
puentes de hidrógeno con las moléculas de disolvente (Branden & Tooze, 1999). En el modelo de
PsbQ los lazos están cargados y expuestos al disolvente (Figura 30 y 37). Los lazos, no
obstante, son los más difíciles de modelar al ser las partes más flexibles de las estructuras. Por
otro lado, en las posiciones 109-111 en el alineamiento fue necesario introducir un hueco o gap de
3 residuos en PsbQ localizado en la parte central de la hélice-3 (Figura 37). Debido a la
diferencia en el número de residuos en esta zona entre ambas cadenas, esta hélice-3 no se ha
podido modelar de forma adecuada ya que una región de 6 aminoácidos en 256b queda ocupada
por sólo 3 aminoácidos en PsbQ. Tampoco fue posible saber si PsbQ tiene estructura hélice 310 ,
como ocurre en el molde entre la hélice-2 y la hélice-3 (secuencia PKL, Figura 37).
4.2. Análisis por absorción.
Los aminoácidos aromáticos son los responsables de la banda de absorción de las proteínas en el
UV-cercano. La secuencia de PsbQ de espinaca contiene 1 residuo de triptófano, 6 residuos de
tirosina, 4 residuos de fenilalanina y ningún residuo de cisteína. Los espectros de absorción de la
proteína recombinante y de la proteína nativa son prácticamente idénticos como se muestra en
la Figura 38A.
La Figura 38B muestra la contribución de estos 11 residuos aromáticos al espectro de
absorción de la proteína recombinante en la región de 260-310 nm, tanto en condiciones nativas
(PsbQ en 20 mM Tris-HCl pH 8.0) como en condiciones desnaturalizantes (PsbQ en 6.0 M
GdnHCl pH 8.0). En condiciones nativas, el espectro presenta un máximo de absorción a 277.5
nm y dos hombros a 282 y 292 nm, aproximadamente. En condiciones desnaturalizantes, se
aprecia un efecto hipsocrómico de entre 1 y 2 nm. Este desplazamiento sería debido al cambio
en el microentorno de las cadenas laterales de los residuos tirosina al exponerse al disolvente y,
por tanto, al aumento de la polaridad como consecuencia del proceso de desnaturalización. El
método de Ragone et al (Ragone et al, 1984) permite estimar el porcentaje de tirosinas
expuestas al disolvente en condiciones no desnaturalizantes, según la ecuación [11], al comparar
la relación a/b de la segunda derivada de los espectros de PsbQ en condiciones nativas y
desnaturalizantes. Los valores de rn y ru calculados fueron, aproximadamente, 2.6 y 3.6. El
parámetro teórico ra se obtuvo de las tablas publicadas en el trabajo original (Ragone et al,
1984), considerando la composición de residuos aromáticos de PsbQ. El valor de este parámetro
resultó ser -0.58, obteniéndose de manera sencilla una estimación del grado de exposición de las