ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

More documents

Recommendations

Info

Resultados haz de α-hélices ortogonales y, en cambio, sí lo era con las proteínas que forman un haz de 4 α- hélices invertidas. Además se estudió la calidad del alineamiento de secuencia entre familias, comprobando el grado de similitud entre las mismas y la cantidad y extensión de huecos o gaps (inserciones o deleciones) en los alineamientos. La familia de secuencias para cada uno de los posibles moldes propuestos por los métodos de threading se obtuvieron de la base de datos HSSP (Sander & Schneider, 1991). Aquellas familias que para alinear precisaban de una gran cantidad de inserciones o deleciones se eliminaron. En el caso de las estructuras de tipo-β, α+β o haz de α-hélices ortogonales no mostraban buenos alineamientos con la familia de PsbQ. Finalmente, se valoró la similitud de los perfiles de hidrofobicidad de cada molde y de la proteína problema. 102 46 S T A 103 QQ QQ SS S TT T AA A KK KK NN N N E EE E S SS S NN NN KK K K 11 11 S SS S V VV V S SS S L LL L H HH H EE E E L A S 11 11 E hélice-1 LL L AA A AA AA L L hélice-3 SS S LL L LL L D DD D RR RR KK KK Q QQ Q VV VV AA AA L LL L A FF F F SS SS II I I I II I D DD D AA AA TT T T 71 Tras este proceso manual de selección, la familia que se escogió como molde para PsbQ fue la cadena A de la proteína de código PDB 256b (1.40 Å de resolución). Esta proteína es un citocromo de E. coli de masa molecular teórica de 11.78 kDa. Se encuentra en el periplasma de la AA A A A W AA A QQ QQ WW W I II I T TT T LL LL Y YY Y V VV V RR RR 11 11 L LL L LL LL Y YY Y RR RR V VV V LL LL N P E SS SS hélice-2 EE E RR RR hélice-4 Figura 34. Proyección en forma de ruleta de cada una de las 4 α-hélices predichas para la proteína PsbQ. Se indica el primer residuo de cada hélice de acuerdo con su numeración en la secuencia de PsbQ de espinaca (T46, W71, S193 y T131). Los residuos hidrofóbicos de las caras internas se muestran con relleno en gris. Se marca el único triptófano con un círculo en negrita; las tirosinas se marcan en línea discontinua. NN N PP P E EE E K K N NN N 11 11 NN NN Q DD DD G GG G QQ Q YY YY E EE E LL LL YY YY T TT T SS SS S SS S K KK K AA A A 131
Resultados bacteria y su función es desconocida aunque, al tener un grupo hemo, puede estar relacionada con el transporte de electrones. La estructura de 256bA0 consiste en 4 α-hélices principales, que se pliegan en forma de haz de 4 α-hélices invertidas, y una hélice 3 10 al final de la segunda hélice. El alineamiento 1D se muestra en la Figura 35 y, a pesar de la baja identidad de secuencia (aprox. 8 %), se obtiene un buen alineamiento de estructura secundaria. Además, el perfil de hidrofobicidad (Figura 36) muestra una buena relación entre las zonas hidrofílicas e hidrofóbicas de la proteínas, indicando en el caso de PsbQ la posibilidad de la formación de 4 α- hélices anfipáticas al mostrar en el diagrama de hidrofobicidad cuatro zonas hidrofóbicas. :: :. :. .:: ::: . ..:* * . :. c562_ecoli ADLEDNMETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLED PSBQ_SPIOL TEAAQRAKVSASEILNVKQFIDRKAWPSLQNDLRLRASYLRYDLKTVISA ...50....,...60....,...70....,...80....,...90...., *. :. .:::: . *...**: : *: . .**: * :. * * c562_ecoli KS.PDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYHQKYR PSBQ_SPIOL KPKDEKKSLQELT...SKLFSSIDNLDHAAKIKSPTEAEKYYGQTVSNINEVLAKLG ..100....,..110....,..120....,..130....,..140....,..150.. Figura 35. Alineamiento de secuencia entre la proteína problema, PsbQ de espinaca, y el molde escogido, 256b (código SWISSPROT c562_ecoli). En color púrpura se muestran las α-hélices de ambas familias. La regla comienza en la posición 46 según la numeración de PsbQ de espinaca. Hidrofóbico Hidrofóbico Hidrofílico Hidrofílico Secuencia de aminoácidos Figura 36. Alineamiento de los perfiles de hidrofobicidad entre PsbQ de espinaca (región C-terminal, residuos 46-149) y el molde 256b, según el alineamiento presentado en Figura 35. Se observan cuatro zonas hidrofóbicas en PsbQ. 4.1.3. Construcción y evaluación del modelo de PsbQ. PsbQ 256b 103
Page 1:
ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍ
Page 5 and 6:
AGRADECIMIENTOS Con estas líneas q
Page 7:
El Ministerio de Educación y Cienc
Page 11 and 12:
ABREVIATURAS INTRODUCCIÓN 1 1. Pro
Page 13 and 14:
6.4. Calorimetría diferencial de b
Page 15 and 16:
1D Monodimensional 3D Tridimensiona
Page 17:
INTRODUCCIÓN
Page 20 and 21:
4 Introducción de la fotosíntesis
Page 22 and 23:
6 Introducción Hace tres décadas
Page 24 and 25:
8 Introducción oxida a una molécu
Page 26 and 27:
10 Introducción polifenol oxidasa,
Page 28 and 29:
12 Introducción En el núcleo de e
Page 30 and 31:
14 Introducción Como en otros RC,
Page 32 and 33:
16 Introducción 2.3.3. Importancia
Page 34 and 35:
18 Introducción extrínsecas, en e
Page 36 and 37:
20 Introducción eficiente y una es
Page 38 and 39:
22 Introducción diferencias entre
Page 40 and 41:
24 Introducción Theg, 1996). Adem
Page 42 and 43:
26 Introducción A A B B C C A B C
Page 44 and 45:
28 Introducción la proteína PsbO
Page 47:
Objetivos La presente Tesis Doctora
Page 51 and 52:
Materiales y Métodos 1. Análisis
Page 53 and 54:
Materiales y Métodos 1994). Las me
Page 55 and 56:
Materiales y Métodos llamó JR2592
Page 57 and 58:
Tris-HCl 120 mM, pH 6.8 SDS 0.1% p/
Page 59 and 60:
Materiales y Métodos permanece inv
Page 61 and 62:
Materiales y Métodos respectivamen
Page 63 and 64:
Materiales y Métodos -PROF (Rost,
Page 65 and 66:
Materiales y Métodos barrido de 20
Page 67 and 68: Materiales y Métodos de 32 mm de d
Page 69 and 70: Materiales y Métodos un índice de
Page 71 and 72: Materiales y Métodos - El valor de
Page 73 and 74: 4.3. Espectroscopía de emisión de
Page 75 and 76: Materiales y Métodos el fluorófor
Page 77 and 78: Materiales y Métodos cada una de e
Page 79 and 80: Materiales y Métodos La resolució
Page 81 and 82: Materiales y Métodos anteriormente
Page 83 and 84: Materiales y Métodos 6.3. Desnatur
Page 85 and 86: 6.5. Análisis de datos. 6.5.1. Des
Page 87: Materiales y Métodos en dos estado
Page 91 and 92: 1. Análisis evolutivo de las prote
Page 93 and 94: Resultados Tabla III. Detección de
Page 95 and 96: Cianobacteria Procariotas Oxi-fotob
Page 97 and 98: 2. Preparación y caracterización
Page 99 and 100: 2.2. Expresión de la proteína Psb
Page 101 and 102: Resultados gradiente radial mono-ex
Page 103 and 104: Resultados 3. Estudio de la estruct
Page 105 and 106: Resultados encuentra el motivo AWPY
Page 107 and 108: 770 0.1 801 906 TRICHOTOMY 985 893
Page 109 and 110: Resultados residuos) entre las hél
Page 111 and 112: Resultados métodos. Con estos dato
Page 113 and 114: Resultados que corresponde al solap
Page 115 and 116: Resultados base de datos FSSP (Holm
Page 117: Resultados Esta familia estructural
Page 121 and 122: Resultados ninguna estructura real
Page 123 and 124: Resultados tirosinas al disolvente
Page 125 and 126: 4.3.2. Experimentos de atenuación
Page 127 and 128: Agente atenuador Fuerza iónica KSV
Page 129 and 130: Resultados mm y tenían además bue
Page 131 and 132: Resultados isomorfos a los obtenido
Page 133 and 134: Resultados El primer modelo constru
Page 135 and 136: Resultados Figura 46. Estructura 3D
Page 137 and 138: Resultados los que involucran a las
Page 139 and 140: A B Resultados Figura 49. Cada mol
Page 141 and 142: N-t Resultados Figura 51. Distribuc
Page 143 and 144: 6. Estabilidad conformacional de Ps
Page 145 and 146: Resultados de un punto isodicroico
Page 147 and 148: Resultados En cuanto a los experime
Page 149 and 150: 6.4 Influencia del pH en la estabil
Page 151 and 152: Resultados La dependencia de ∆Hca
Page 153: DISCUSIÓN
Page 156 and 157: Discusión etapas evolutivas más t
Page 158 and 159: Discusión Cu 2+ en relación con e
Page 160 and 161: Discusión 144 El centro de la band
Page 162 and 163: Discusión propuesto para PsbQ seg
Page 164 and 165: Discusión de los residuos de proli
Page 166 and 167: Discusión que impidiera a este ion
Page 168 and 169:
Discusión 152 El estudio de la est
Page 170 and 171:
Discusión pK a han cambiado, por e
Page 172 and 173:
Discusión energía lumínica llega
Page 175:
Conclusiones 1. La proteína PsbQ e
Page 179 and 180:
Bibliografía Adelroth, P., Lindber
Page 181 and 182:
Branden, C. & Tooze, J. (1999) Intr
Page 183 and 184:
Bibliografía Enami, I., Kikuchi, S
Page 185 and 186:
Bibliografía Hammarstrom, L., Sun,
Page 187 and 188:
Bibliografía Jelesarov, I. & Bossh
Page 189 and 190:
Bibliografía Larsson, C., Jansson,
Page 191 and 192:
Bibliografía Nishiyama, Y., Los, D
Page 193 and 194:
Bibliografía Ragone, R., Colonna,
Page 195 and 196:
Bibliografía Staehelin, A. (1996)
Page 197:
Bibliografía Yamamoto, Y. & Kubota
Page 201 and 202:
Apéndice En las figuras siguientes
Page 203 and 204:
Apéndice Apéndice, B. Alineamient
Page 205 and 206:
Apéndice Apéndice, D. Alineamient
Page 207:
Apéndice, F . Alineamiento de secu
show all

ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?