ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Resultados
El primer modelo construido contenía los residuos 45-149. La buena calidad del mapa de
densidad obtenido permitió que los residuos entre las posiciones 1-13 y 34-45 pudieran
modelarse manualmente (Figura 44). Por métodos iterativos donde se combinaron los resultados
procedentes de los programas CNS y REFMAC se consiguió el modelo final de PsbQ. En la Tabla
XIIIB se recogen las estadísticas del refinamiento. En el mapa de densidad se ha localizado el
86 % de la estructura y no se ha obtenido información estructural acerca de la metionina inicial
en la proteína recombinante (residuo "cero") y los residuos 14-33. El refinado convergió a unos
valores de factores de fiabilidad R= 16.3 % y Rfree = 19.9 % Su relación es excelente y se
encuentra dentro del intervalo en el que se estima se debe encontrar para estructuras a esta
resolución. La calidad de la estructura se estudió por PROCHECK siendo la evaluación de la
misma positiva, como muestra por ejemplo el diagrama de Ramachandran (Figura 45 y Tabla
XIIIB). El análisis por VERIFY3D proporciona un valor medio de 0.4, que se encuentra dentro
de los límites establecidos por este programa. La nueva estructura 3D obtenida por nuestro
grupo se ha depositado en la base de datos PDB con el código 1VYK.
Figura 45. Diagrama de Ramachandran obtenido para la estructura 3D de PsbQ. El 98.2% de los
residuos está en regiones favorables y el 1.8 % restante en regiones permitidas.
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