THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Matériel et méthodes
fluorochromes. En fonction de la longueur d’onde émise, le marqueur et donc le nucléotide
est identifié, et la séquence est reconstituée.
La longueur des capillaires (36, 50 ou 80 cm) est choisie en fonction de la longueur
de séquence désirée (respectivement, en moyenne : 400-500 pb, 600-700 pb, 800-100 pb).
Figure 10 : Schéma du fonctionnement d’un séquenceur automatique.
3.7 Analyse phylogénétique
L’accumulation progressive de mutations au sein des génomes constitue une
information cruciale sur l’histoire des espèces. Ainsi, les génomes ont été comparés à des
"horloges moléculaires" (Zuckerland & Pauling 1965) : chaque région du génome accumule
des mutations à un rythme qui lui est propre et qui est dicté par l’intensité de la pression de
sélection à laquelle elle est soumise. Cette notion est liée à la théorie neutraliste de
l’évolution selon laquelle la majeure partie des mutations fixées étaient sélectivement
neutres ou presque neutres (Kimura 1968).
On définit par homologues des caractères dérivant d’un ancêtre commun. Le taux
d’accumulation des mutations est du même ordre de grandeur dans des régions homologues
(soumises à une même pression de sélection). Des régions homologues peuvent être
comparées entre elles pour reconstruire une phylogénie des espèces. En outre pour être
comparables, les gènes doivent avoir conservés une fonction identique. Les séquences
d’ARN ribosomaux 16S se sont rapidement imposées comme marqueurs de l’histoire
évolutive car leur présence est universelle, leur fonction conservée, la pression qui s’exerce
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