THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Introduction bibliographique
Cette typologie demeure toutefois théorique car les microorganismes ne sont pas
nécessairement inféodés à un type d’habitat. Cependant, elle permet d’orienter les stratégies
d’échantillonnage et de décrire la structure spatiale des peuplements microbiens.
3.2 Diversité phylogénétique des microorganismes associés aux sources
hydrothermales océaniques
Les études de diversité des communautés microbiennes, longtemps fondées sur des
approches culturales et des observations microscopiques, ont connu un essor considérable
depuis le début des années quatre-vingt-dix grâce à l’émergence des techniques
moléculaires basées sur les ARN ribosomaux. En 1992, des analyses de lipides avaient
montré la présence de liaisons éther, signature des Archaea, à l’intérieur d’une excroissance
latérale de cheminée ("flange") (Hedrick et al. 1992). Au milieu des années quatre-vingts, les
premières études moléculaires basées sur les ARN ribosomaux (ARNr 5S) avaient permis
d’affilier les symbiotes du vestimentifère Riftia pachyptila et ceux des mollusques
Calyptogena magnifica et Bathymodiolus thermophilus à la sous-division γ des
Proteobacteria (Lane et al. 1985, Stahl et al. 1984). Depuis une dizaine d’années, des
inventaires moléculaires basés sur l’étude des séquences d’ARNr 16S ont été réalisés pour
tenter de décrire dans sa globalité la diversité microbienne associée aux écosystèmes
hydrothermaux océaniques profonds. Ces études ont été menées sur une variété
d’échantillons hydrothermaux (animaux, tapis microbiens, collecteurs in situ, sédiments,
fluides, cheminées) provenant de différents sites géographiques.
3.2.1 Microorganismes associés aux animaux
Les travaux de Polz & Cavanaugh (1995) ont mis en évidence un phylotype bactérien
dominant dans la population d’ectosymbiontes d’une cavité branchiale de crevette Rimicaris
exoculata récoltée sur le site atlantique Snake Pit. Ce phylotype, également dominant dans
un échantillon minéral du même site, était affilié à une branche monophylétique distincte au
sein des ε-Proteobacteria. Une étude de 2003 présente l’analyse de la diversité microbienne
associée à l’appareil digestif d’une crevette Rimicaris exoculata récoltée sur le site atlantique
Rainbow. La diversité mise en évidence était relativement faible, et les séquences sont
affiliées à trois groupes principaux : les ε-Proteobacteria (48,8%), les Entomoplasmatales
(23,3%) et le nouveau phylum Deferribacteres (26,6%). Ces microorganismes pourraient être
impliqués dans la production primaire de matière organique, dans la bioremédiation des
métaux et la détoxication du tube digestif (Zbinden & Cambon-Bonavita 2003).
Lopez-Garcia et al. ont analysé la diversité microbienne associée aux tubes chitineux
du vestimentifère Riftia pachyptila (Lopez-Garcia et al. 2002). Des populations microbiennes
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