THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Résultats - Chapitre 1
d’incultivés au sein des Euryarchaeota (DHVE), tous ces groupes ayant pourtant été
détectés dans des échantillons hydrothermaux océaniques du Pacifique (Schrenk et al.
2004, Schrenk et al. 2003, Takai et al. 2001). Ceci pourrait suggérer une diversité archéenne
moindre dans les sites hydrothermaux de l’Atlantique (Nercessian 2004, Schrenk et al.
2004).
5 Diversité des clones bactériens
Les ε-Proteobacteria et les δ-Proteobacteria sont les deux principaux groupes
auxquels est affiliée la grande majorité des séquences de clones bactériens obtenus (Figure
3). Parmi les ε-Proteobacteria, les séquences obtenues sont relativement diversifiées (voir
arbre Figure 5). D’après les résultats du BLAST, la majorité des phylotypes sont proches de
séquences environnementales d’origine hydrothermale océanique profonde (le plus souvent
atlantique). Elles peuvent être issues de la microflore de colonisateurs in situ ou de la
microflore associée aux animaux (Alvinella sp., Rimicaris sp.). Notons toutefois que la
présence d’Alvinella sp. n’a jamais été mise en évidence dans l’Atlantique. De façon
intéressante, la séquence EBB25 présente 98% d’identité avec la séquence d’un
microorganisme provenant du tube digestif d’une crevette Rimicaris exoculata récoltée sur
ce même site Rainbow (Zbinden & Cambon-Bonavita 2003). Certaines séquences sont très
proches de celles de souches décrites telles que Sulfurimonas autotrophica isolée de
sédiments hydrothermaux du sud-ouest Pacifique (Inagaki et al. 2003). S. autotrophica est
une bactérie mésophile capable de croissance en autotrophie par oxydation du soufre et du
thiosulfate, en utilisant l’oxygène comme accepteur d’électrons. Elle n’utilise pas l’hydrogène.
Parmi les δ-Proteobacteria, la majorité des séquences est affiliée à des organismes sulfatoréducteurs,
et entre autres à Desulfovibrio hydrothermalis : cet organisme est mésophile,
anaérobie strict, hydrogénotrophe et capable de réduire le sulfate, le sulfite et le thiosulfate.
La souche décrite a été isolée à partir d’une cheminée du Pacifique oriental (EPR 13°N)
(Alazard et al. 2003). Le fluide étant dépourvu de sulfates, les accepteurs d’électrons utilisés
par les microorganismes sulfato-réducteurs sont probablement fournis par l’eau de mer. Les
Cytophaga et les Verrucomicrobia ont également été détectés et sont apparentés à des
clones environnementaux obtenus à partir d’animaux des sources hydrothermales
océaniques (gastéropodes, vers). Les séquences de γ-Proteobacteria obtenues sont
proches de celles de microorganismes psychrophiles provenant de sédiments profonds de
l’Atlantique (Psychromonas profunda), ou de glaces de l’Antarctique (P. antarcticus). La
séquence type EBB110, représentant un groupe de 7 séquences, ne présente que 84%
d’identité avec Caldithrix abyssi, le microorganisme cultivé le plus proche. C. abyssi est une
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