THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

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Résultats - Chapitre 3 Table 2. Identification of the representative DGGE bands and their distribution among DGGE patterns corresponding to different culture samples from the continuous culture in bioreactor (noted from T1 to T36). Representative band Occurrence Closest match organism a identity a T2a-T9c T1 to T36 Thermosipho MV1063 (AJ419874) 99% T31 T31 Marinitoga camini (AJ250439) 96% T4-T9b T4 to T31 Caminicella sporogenes (AJ320233) 99%-98% T28 T1 to T31 Deferribacter abyssi (AJ515881) 87% a Based on BLAST search (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST). GenBank accession numbers are in brackets. 190
Résultats - Chapitre 3 Table 3. Distribution and phylogenetic affiliations of archaeal and bacterial 16S rDNA sequences (≥ 97% similarity in each phylotype) retrieved from enrichment cultures in flask at 60°C. Representative clones were completely sequenced (unless indicated) and the sequence types deposited in GenBank appear in bold. a Sample Phylogenetic affiliation Representative clones Number of clones Closest match organism a identity a A1 Thermococcales A254 55 Thermococcus barophilus (AY099172) 97% A1 A2 Clostridiales Thermotogales Clostridiales Thermotogales 238 207-245-219- 240-255 413-404-462 436 1 58 47 8 440 b 1 Caminicella sporogenes (AJ320233) Marinitoga camini (AJ250439) Caminicella sporogenes (AJ320233) Marinitoga camini (AJ250439) Thermosipho MV1063 (AJ419874) Caminicella sporogenes (AJ320233) Marinitoga camini (AJ250439) Thermosipho MV1063 (AJ419874) 97% 94% 97% 95% 98% 97% 93% 97% B Clostridiales Thermotogales 608-626-669-635 660 b 609 68 1 1 Based on BLAST search (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST). GenBank accession numbers are indicated in brackets. b Partial sequence (600pb) 191
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