THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Discussion générale
Les Thermococcales ont d’ailleurs été retrouvés dans d’autres types d’environnement
tels que les puits de pétrole ou des échantillons de subsurface. En raison de leur caractère
ubiquiste, leur capacité de survie dans des conditions très éloignées de leurs conditions
optimales de croissance, et leur potentialité de croissance rapide lorsque les conditions
deviennent propices, les Thermococcales pourraient être les premiers colonisateurs
hétérotrophes du pôle chaud de l’écosystème hydrothermal.
Diversité des ε-Proteobacteria (Figure 3)
La diversité des séquences d’ε-Proteobacteria obtenues dans notre étude est
présentée dans l’arbre phylogénétique (Figure 3) qui inclut également des espèces d’origine
hydrothermale océanique très récemment décrites telles que Sulfurimonas autotrophica
(Inagaki et al. 2003), Sulfurovum lithotrophicum (Inagaki et al. 2004), Caminibacter
profundus (Miroshnichenko et al. 2004), Hydrogenimonas thermophila (Takai et al. 2004),
Lebetimonas acidiphila (Takai et al. 2005), Thioreductor micantisoli (Nakagawa et al. 2005).
Des séquences diverses d’ε-Proteobacteria ont été détectées dans la majorité des
inventaires moléculaires décrivant la diversité microbienne des environnements
hydrothermaux océaniques. Dans notre étude, l’analyse de la cheminée et de la culture en
bioréacteur à 90°C a permis de détecter une diversité de séquences d’ε-Proteobacteria, la
plupart étant affiliées à des clones environnementaux. Les ε-Proteobacteria n’ont pas été
détectés dans les cultures en flacon, ce qui semble indiquer que le système de culture utilisé
(culture continue en bioréacteur gas-lift) ait favorisé leur croissance à 90°C. Ces ε-
Proteobacteria n’ont pas non plus été retrouvés à 60°C. Les microorganismes correspondant
seraient donc hyperthermophiles. A ce jour, aucune des ε-Proteobacteria isolés n’est décrite
comme étant capable de croissance à 90°C (culture pure en flacon). Malgré une variété de
conditions expérimentales testées pour la réalisation de sous-cultures en flacon à partir
d’échantillon de cultures d’enrichissement à 90°C (où les ε-Proteobacteria ont été détectés),
aucune de ces souches n’a pu être isolée.
Diversité des γ- et δ-Proteobacteria (Figure 4)
A partir des cultures, une seule séquence de γ-Proteobacteria a été détectée dans le
bioréacteur à 90°C, et est affiliée à des clones d’incultivés. L’ensemble des autres
séquences se positionnant dans ces groupes provient de l’échantillon de cheminée. En
particulier une diversité de séquences a été obtenue au sein des δ-Proteobacteria
(Desulfobacterium sp., Desulfovibrio sp.), correspondant probablement à des
microorganismes impliqués dans le cycle du soufre.
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