THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

More documents

Recommendations

Info

Introduction bibliographique Tableau 7 : Caractéristiques des Bacteria et des Archaea. Caractéristiques Bacteria Archaea Présence d'acide muramique dans la paroi (si présente) Lipides membranaires + - Chaînes Premier acide aminé initiant la synthèse d'une chaîne polypeptidique Endospores Présence d’introns dans les gènes ARN polymérase eucaryotique Coenzymes spéciaux Température maximale de croissance Photosynthèse complète Méthanogénèse Cycle de Calvin (fixation du CO 2 ) Acides gras aliphatiques liés au glycérol par des liaisons ester ou ether N-formylméthionine + - - - 95°C + - + hydrocarbonées liées au glycérol par des liaisons ether Méthionine - + + + 121°C - + - Les espèces archéennes et bactériennes thermophiles isolées des sources hydrothermales océaniques profondes sont présentées dans les tableaux 4 et 5 (paragraphe 1.4). 4.3 Bases moléculaires de la thermophilie L’étude de la vie à haute température est relativement récente, et malgré l’ensemble des connaissances acquises depuis une vingtaine d’années, les mécanismes moléculaires d’adaptation à la thermophilie reste à ce jour peu connus. Tous les composants cellulaires des microorganismes thermophiles doivent être adaptés, ou du moins résistants, aux températures élevées. Ceci implique que non seulement les protéines soient stables à des températures supérieures à 80°C, mais aussi les lipides, les acides nucléiques et les métabolites de faible poids moléculaire. 4.3.1 Les lipides L’étude de la composition des lipides membranaires indiquent des différences d’adaptation à la thermophilie entre les archées et les bactéries. Les lipides membranaires des archées comportent des liaisons éther alors que ces liaisons sont généralement de type ester chez les bactéries et les eucaryotes. Toutefois, un nouveau type de lipide de glycérol à liaison ether a été identifié chez la bactérie hyperthermophile Thermotoga maritima : l’acide 15,16-diméthyl-30-glyceryloxy-triacontanedioïque. Les liaisons éther sont plus résistantes que les liaisons ester aux effets de la température, à l’oxydation et à la dégradation enzymatique. De plus, les archées possèdent des tetraéthers de diphytanyl-glycérol : les deux chaînes d’acides gras (phytanyl) issues de chaque molécule de glycérol sont liées par 54
Introduction bibliographique des liaisons covalentes créant une structure membranaire en monocouche lipidique (Figure 11). Cette structure, largement répandue chez les archées hyperthermophiles, est beaucoup plus rigide que les bicouches lipidiques des bactéries (Van de Vossenberg et al. 1998). Les stratégies de conservation de la structure membranaire à température élevée impliquent chez les bactéries une augmentation du degré de saturation et de la longueur des chaînes d’acides gras, et chez les archées une cyclisation des chaînes d’acides gras et une transition de lipides à liaison diéther en lipides à liaison tetraéther, ce qui contribue à une meilleure adaptation aux températures élevées par réduction de la fluidité membranaire. (a) (b) Figure 11 : Structure membranaire des Archaea. (a) bicouche lipidique contenant des diéthers de glycérol, (b) monocouche lipidique contenant des tétraéther de glycérol (Madigan et al. 2003). 1.1.1 Les acides nucléiques Les archées hyperthermophiles possèdent une gyrase inverse, l’ADN topoisomérase de type I qui introduit des super-tours positifs dans l’ADN ce qui contribue à stabiliser la double hélice d’ADN et à la préserver de la dénaturation thermique (Forterre et al. 1989). Les gyrases inverses ont été détectées uniquement chez les microorganismes qui ont une température optimale de croissance de plus de 65°C, et sont présentes sans exception chez les archées et les bactéries dont les températures optimales de croissance sont supérieures à 80°C. Ce super-enroulement pourrait maintenir les paramètres structuraux et thermodynamiques de l’ADN à des valeurs similaires à celles des mésophiles (Forterre et al. 1996). D’autres protéines sont connues pour participer au maintien à forte température de la structure double-brin de l’ADN. Certaines, pouvant être homologues aux histones des eucaryotes, compactent l’ADN en des structures qui rappellent les nucléosomes. Les mécanismes de thermoadapatation des hyperthermophiles incluent également des modifications nucléotidiques des ARN de transfert qui ont des structures secondaires stabilisées et des températures de fusion plus élevées. Un contenu élevé en bases G+C des ARN de transfert et des ARN ribosomiques pourrait stabiliser les conformations actives (Woese et al. 1991). Concernant l’ARN simple-brin, certaines liaisons induisant sa structure secondaire sont renforcées par des modifications post-transcriptionnelles des bases 55
Page 1:
UNIVERSITE DE PROVENCE (AIX-MARSEIL
Page 4 and 5:
phylogénie, à Valérie Cueff-Gauc
Page 6 and 7: 5 Méthodes pour décrire et accéd
Page 8 and 9: Chapitre III : Diversité microbien
Page 11 and 12: Introduction bibliographique Table
Page 13 and 14: Résultats et discussion 1 Chapitre
Page 15 and 16: Introduction générale C’est en
Page 17: Introduction bibliographique
Page 20 and 21: Introduction bibliographique manife
Page 22 and 23: Introduction bibliographique Tablea
Page 24 and 25: Introduction bibliographique 1.3 Le
Page 26 and 27: Introduction bibliographique 2 Faun
Page 28 and 29: Introduction bibliographique Figure
Page 30 and 31: Introduction bibliographique 3 Les
Page 32 and 33: Introduction bibliographique denses
Page 34 and 35: Introduction bibliographique Un aut
Page 36 and 37: Introduction bibliographique incult
Page 38 and 39: Introduction bibliographique 3.3 Di
Page 40 and 41: Introduction bibliographique 3.4.2
Page 42 and 43: Tableau 4 : Bacteria associées aux
Page 48 and 49: Tableau 5 : Archaea associées aux
Page 50 and 51: Introduction bibliographique 3.5 Le
Page 52 and 53: Introduction bibliographique L’en
Page 54 and 55: Introduction bibliographique Figure
Page 58 and 59: Introduction bibliographique impliq
Page 60 and 61: Introduction bibliographique ouvre
Page 62 and 63: Introduction bibliographique 5 Mét
Page 64 and 65: Introduction bibliographique b) Les
Page 66 and 67: Introduction bibliographique 5.2 L
Page 68 and 69: Introduction bibliographique - la s
Page 70 and 71: Introduction bibliographique laquel
Page 72 and 73: Introduction bibliographique Des t
Page 74 and 75: Introduction bibliographique consti
Page 76 and 77: Introduction bibliographique l’é
Page 78 and 79: Introduction bibliographique L’am
Page 80 and 81: Introduction bibliographique ou par
Page 82 and 83: Introduction bibliographique matric
Page 84 and 85: Introduction bibliographique Le but
Page 86 and 87: Introduction bibliographique très
Page 89: Matériel et Méthodes
Page 92 and 93: Matériel et méthodes Une cheminé
Page 94 and 95: Matériel et méthodes - par filtra
Page 96 and 97: Matériel et méthodes 2.3 Culture
Page 98 and 99: Matériel et méthodes D’autres t
Page 100 and 101: Matériel et méthodes L’étanch
Page 102 and 103: Matériel et méthodes 2.3.3 Condit
Page 104 and 105: Matériel et méthodes cellules ont
Page 106 and 107:
Matériel et méthodes 2.4.3 Techni
Page 108 and 109:
Matériel et méthodes 3 Techniques
Page 110 and 111:
Matériel et méthodes ‣ Le cycle
Page 112 and 113:
Matériel et méthodes 3.3 Extracti
Page 114 and 115:
Matériel et méthodes 0,8 mm) intr
Page 116 and 117:
Matériel et méthodes β-galactosi
Page 118 and 119:
Matériel et méthodes fluorochrome
Page 120 and 121:
Matériel et méthodes 3.7.2 Métho
Page 122 and 123:
Matériel et méthodes 3.8 Hybridat
Page 124 and 125:
Matériel et méthodes 4 Descriptio
Page 126 and 127:
Matériel et méthodes coloration
Page 128 and 129:
Matériel et méthodes 4.4 Caracté
Page 130 and 131:
Matériel et méthodes après 8 h e
Page 133:
Chapitre 1 Diversité microbienne d
Page 136 and 137:
Résultats - Chapitre 1 1 Diversit
Page 138 and 139:
Résultats - Chapitre 1 Tableau 1 :
Page 140 and 141:
Résultats - Chapitre 1 d’inculti
Page 142 and 143:
Résultats - Chapitre 1 Tableau 2 :
Page 144 and 145:
Résultats - Chapitre 1 Beaucoup de
Page 146 and 147:
Résultats - Chapitre 1 Cheminée '
Page 148 and 149:
Résultats - Chapitre 1 Cheminée '
Page 151:
Résultats - Chapitre 2 Afin d’ac
Page 154 and 155:
146 Résultats - Chapitre 2
Page 156 and 157:
Page 158 and 159:
Page 161 and 162:
Résultats complémentaires - Chapi
Page 163 and 164:
Page 165 and 166:
Page 167 and 168:
Page 169 and 170:
Page 171 and 172:
Page 173 and 174:
Page 175:
Page 179:
Résultats - Chapitre 3 Afin de pou
Page 182 and 183:
Résultats - Chapitre 3 Summary The
Page 184 and 185:
Résultats - Chapitre 3 present stu
Page 186 and 187:
Résultats - Chapitre 3 Nucleic aci
Page 188 and 189:
Résultats - Chapitre 3 Analyses of
Page 190 and 191:
Résultats - Chapitre 3 while the n
Page 192 and 193:
Résultats - Chapitre 3 µm) occurr
Page 194 and 195:
Résultats - Chapitre 3 the optimal
Page 196 and 197:
Résultats - Chapitre 3 thermophili
Page 198 and 199:
Résultats - Chapitre 3 Conclusion
Page 200 and 201:
Résultats - Chapitre 3 Table 2. Id
Page 202 and 203:
Résultats - Chapitre 3 100 70 60 1
Page 204 and 205:
Résultats - Chapitre 3 Figure 3. W
Page 206 and 207:
Résultats - Chapitre 3 Grote, R.,
Page 208 and 209:
Résultats - Chapitre 3 Wery, N., C
Page 211:
Résultats - Chapitre 4 Une nouvell
Page 214 and 215:
Page 216 and 217:
Page 218 and 219:
Page 221:
Discussion générale
Page 224 and 225:
Discussion générale Les Thermococ
Page 226 and 227:
Discussion générale est la seule
Page 228 and 229:
Discussion générale ε Proteobact
Page 230 and 231:
Discussion générale Figure 5 : Po
Page 233 and 234:
Conclusion et perspectives Les cond
Page 235 and 236:
Conclusion et perspectives Les tech
Page 237:
Bibliographie
Page 240 and 241:
Bibliographie Baross, J. & Deming,
Page 242 and 243:
Bibliographie Felsentein, J. (1981)
Page 244 and 245:
Bibliographie J Jannasch, H. W. & W
Page 246 and 247:
Bibliographie Marteinsson, V. T., B
Page 248 and 249:
Bibliographie Raguénès, G., Chris
Page 250 and 251:
Bibliographie Takai, K., Sugai, A.,
Page 253:
Annexes
Page 256 and 257:
Annexe 2 Protocole de clonage (kit
Page 258 and 259:
Annexe 3 Caractérisation d’une n
Page 261 and 262:
241 Annexe 4
Page 263 and 264:
243 Annexe 4
Page 265 and 266:
245 Annexe 4
Page 267 and 268:
247 Annexe 5
Page 269 and 270:
249 Annexe 5
Page 271 and 272:
251 Annexe 5
Page 274:
Diversité de populations microbien
show all

THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?