THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Résultats complémentaires - Chapitre 2
une fraction moindre de la microflore totale, par rapport aux Archaea, dans la culture en
bioréacteur).
Les bactéries détectées par leur séquence n’ont finalement pas pu être recultivées en
flacon. Plusieurs hypothèses peuvent être émises : (i) la conservation des échantillons de
culture du bioréacteur à –80°C en présence de DMSO (5%) pendant plusieurs mois a
probablement induit une perte importante de cellules au moment de la décongélation des
échantillons pour inoculer les milieux en flacon. Une conservation des échantillons de culture
en anaérobiose à 4°C, sans congélation et sans cryoprotecteur potentiellement toxique pour
les cellules, favoriserait probablement le redémarrage d’une croissance plus rapide (ii) le
bioréacteur gas-lift pourrait être nécessaire pour recultiver ces souches, les conditions de
culture en flacon ne présentent en effet pas de régulation des paramètres physicochimiques,
ni de renouvellement du milieu de culture ; (iii) les bactéries sont peut-être
quantitativement trop peu représentées ou trop peu actives dans les conditions de culture
testées : le taux de dilution appliqué pour la culture continue en bioréacteur était de 0,04 h -1
ce qui autorise en théorie le maintien dans le bioréacteur de microorganismes présentant un
taux de croissance supérieur ou égal à 0,04 h -1 (i.e temps de génération ≤ 17 h). Des
bactéries qui auraient une vitesse de croissance proche de la vitesse minimale requise pour
ne pas être lessivée seraient alors peu nombreuses et peu actives dans la culture, du fait de
conditions de culture peut-être éloignées de leurs conditions optimales, ce qui expliquerait
également que leurs ARN n’aient pas été détectés ; (iv) la présence de cultures mixtes est
peut-être un élément déterminant pour cultiver les bactéries détectées. Celles-ci auraient
peut-être acquis des facteurs de thermoprotection, tels que le 2,3-diphosphoglycérate ou le
di-myo-inositol-1,1 ’-phosphate (Lamosa et al. 1998, Scholz et al. 1998), produits par des
microorganismes hyperthermophiles également présents dans la culture. Une co-culture
contenant une souche du genre Marinitoga et une souche du genre Thermococcus a été
rapportée lors de l’isolement de Marinitoga camini (Wery et al. 2001) : les techniques
classiques d’isolement par séries de dilution et isolement sur boîte avaient alors
systématiquement échoué, et la souche a finalement pu être isolée en abaissant la
température à 40°C et en éliminant le soufre du milieu de culture. N. Wery, dans sa thèse
(Wery 2000), émet également l’hypothèse d’un échange possible de facteurs de
thermoprotection entre Thermococcales et Thermotogales.
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