THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Matériel et méthodes
cultures en flacons sont réalisées en batch (sans renouvellement de milieu), en l’absence de
balayage gazeux et de contrôle des paramètres physico-chimiques, ce qui constituent les
différences fondamentales avec les cultures en fermenteur gas-lift.
Les deux cultures d’enrichissement à 60°C et 90°C ont été menées en parallèle et
suivies par observations au microscope Olympus BX60 à contraste de phase (X400) afin de
détecter une croissance microbienne. Finalement, les cultures suivantes ont été prélevées
en vue d’extractions d’ADN et d’hybridation oligonucléotidiques (voir "Prélèvement des
échantillons" 2.4.1) :
- après 24 h et 41 h d’incubation pour les cultures à 60°C , et une sous-culture de
17 h réalisée à partir de la culture de 24 h ;
- après 45 h et 65 h d’incubation pour les cultures à 90°C , et une sous-culture de
20 h réalisée à partir de la culture de 45 h (voir Figure 3).
T0
inoculation 2%
(pool fragments
de cheminées)
T1
(croissance +)
Extraction ADN total
ADN 1 : 90°C / +45h
ADN 2 : 60°C / +24h
Repiquage 2%
T2
Extraction ADN total
ADN 3 : 90°C / 45+20 = 65h
ADN 4 : 60°C / 24+17 = 41h
FISH
Extraction ADN total
ADN 5 : 90°C / 20h
ADN 6 : 60°C / 17h
FISH
Figure 3 : Schéma du protocole de cultures d’enrichissement en flacon représentant les durées
d’incubation, le repiquage et les prélèvement réalisés, et ce en parallèle pour les cultures à 60°C et à
90°C.
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