THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Résultats - Chapitre 1
respectivement à Thermococcus celer, Thermococcus siculi et Thermococcus barophilus.
Ces 3 phylotypes regroupent 7,5% des clones de la banque archéenne. Les
Thermococcales sont largement distribuées dans les environnements hydrothermaux
océaniques, comme l’ont montré plusieurs études, et le genre Thermococcus en particulier
contient de nombreux représentants cultivés et décrits (cf. Introduction bibliographique,
Tableau 5). Des collecteurs ou incubateurs in situ déployés près de sources hydrothermales
de la dorsale Médio-Atlantique ont permis la mise en évidence d’une large majorité de
Thermococcales au sein des Archaea détectées (Corre et al. 2001, Nercessian et al. 2003,
Reysenbach et al. 2000). Bien que quelques séquences étaient affiliées au genre
Pyrococcus (Nercessian et al. 2003), la majorité des séquences correspondaient à des
espèces cultivées du genre Thermococcus. Toutefois ce groupe n’est généralement pas
détecté dans des analyses de la diversité associée aux fluides ou dépôts hydrothermaux
(Huber et al. 2002, Takai & Horikoshi 1999).
Le troisième groupe archéen détecté dans notre étude correspond aux
Archaeoglobales. La séquence type EBA4 représentant 3% des clones archéens était affiliée
à la séquence environnementale VC2.1arch 8 provenant du site hydrothermal atlantique
Snake Pit (Reysenbach et al. 2000). L’organisme cultivé le plus proche est Archaeoglobus
venificus (92%) qui est une espèce chimiolithoautotrophe facultative capable de réduire le
sulfite et le thiosulfate en sulfure (Huber et al. 1997).
Des séquences d’ARNr 16S relatives aux membres hyperthermophiles des ordres
Methanococcales, Thermococcales et Archaeoglobales sont fréquemment obtenues dans
les banques de clones environnementaux relatives aux sources hydrothermales marines
profondes. Notre étude corrobore partiellement les résultats obtenus par Nercessian et al.
(Nercessian 2004) puisqu’ils ont également détecté dans des fragments de cheminée de
Rainbow des Methanocaldococcaceae (fort signal) ainsi que des Thermococcales et des
Archaeoglobus grâce à l’utilisation de sondes oligonuléotidiques spécifiques de différents
niveaux taxonomiques. Leur étude montrait aussi la présence de Desulfurococcales et de
DHVE2 (Deep sea hydrothermal Vent Euryarchaeotic Group I (Takai & Horikoshi 1999))
(faible signal) qui n’ont pas été détectées dans notre étude.
Des expériences de cultures d’enrichissement et d’isolement réalisées à partir
d’échantillons de cheminées et de fluides hydrothermaux ont montré que les Archaea
anaérobes hyperthermophiles se développaient dans les pôles chauds de l’écosystème
(Harmsen et al. 1997b, Takai et al. 2001). L’examen de la distribution spatiale des
populations microbiennes dans les cheminées par hybridation sur cellules totales a montré
que les Archaea pouvaient représenter jusqu’à 50% de la communauté microbienne totale
(Harmsen et al. 1997a). Notre étude ne met pas en évidence de séquences affiliées aux
Crenarchaeota (Desulfurococcus, Ignicoccus etc.), aux Korarchaeota ou à des groupes
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