THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Introduction bibliographique
ou par marche sur le chromosome (méthode du "chromosome-walking"). Les séquences
sont ensuite comparées à celles disponibles en banque de données. Cet accès direct à des
portions de génomes peut renseigner simultanément sur la phylogénie et potentiellement sur
le phénotype par la détection d’un ADNr 16S et de gènes de fonction sur un même segment
génomique. L’application la plus impressionnante de cette méthodologie est probablement
l’étude de populations microbiennes de la mer des Sargasses, réalisée par Venter et son
groupe grâce, entre autres, à de très puissantes capacités de séquençage (Venter et al.
2004). Un total de 1 045. 10 12 paires de bases a été généré, annoté et analysé. Les données
seraient issues de 1800 espèces génomiques, incluant 142 nouveaux phylotypes
microbiens. Mais cette stratégie n’est pas dépourvue de biais et divise la communauté
scientifique (Rodriguez-Valera 2004). Le choix d’une communauté microbienne appropriée
est une priorité pour ce genre d’étude.
Génomique et métagénomique fournissent des outils pour l’étude de la structure et
de la fonction de populations microbiennes complexes. Cependant, ces avancées
nécessitent le développement d’outils de bioinformatique qui devraient faciliter la gestion des
banques de données (génomes complets ou segments de génomes), et favoriser
l’interaction entre les banques.
L’émergence de la protéomique, l’analyse à grande échelle des protéines, est due à
la prise de conscience que le produit final d’un gène est fondamentalement plus complexe et
plus informatif d’une fonction que le gène lui-même. La difficulté à prédire à la fois l’existence
et la fonction de gènes par bioinformatique a aussi montré la nécessité d’analyser les
protéines. En outre, seule l’étude des protéines permettra de déterminer les modifications
post-traductionnelles, celles-ci pouvant affecter considérablement la fonction d’une protéine.
La protéomique est une discipline qui progresse grâce à l’accumulation des banques de
données relatives aux acides nucléiques et aux protéines, grâce au développement de la
spectrométrie de masse, et au développement d’algorithmes pour effectuer des recherches
dans les banques de données. Actuellement, la protéomique est surtout fonctionnelle : il
s’agit d’identifier et caractériser des protéines-cibles, plutôt que le protéome entier, pour
répondre à une question spécifique de biologie (Graves & Haystead 2002). L’étude du
protéome d’un microorganisme devrait permettre d’élucider son fonctionnement et sa
stratégie de réponse à des changements de conditions environnementales.
5.3.3 Les biais des méthodes d’analyse des séquences ribosomales
Les techniques moléculaires, indépendantes de l’approche culturale, ont leurs
propres biais, introduits à chaque étape. Une vision déformée du "monde réel" peut en
découler. Mais être conscient de ces biais peut suffire à les minimiser.
78