THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Matériel et méthodes
4.4 Caractérisation métabolique
Différents milieux ont été réalisés pour tester l’utilisation d’accepteurs d’électrons, de
sources de carbone et/ou d’énergie et de sources d’azote, et pour tester la croissance en
autotrophie et l’effet de différentes phases gazeuses. Des témoins non-inoculés ont été
réalisés pour chaque condition testée. La croissance a été suivie par mesure de
l’absorbance à 600 nm et dans certains cas par comptage cellulaire. Des analyses par HPLC
et chromatographie en phase gazeuse ont également été effectuées, soit pour confirmer la
consommation de certains substrats, soit pour identifier des produits du métabolisme. Le
milieu de base utilisé est le suivant :
- Sea salt 30 g. L -1 ,
- MES 3,9 g. L -1 ,
- extrait de levure 0,1 g. L -1 ,
- vitamines de Balch* 10 mL. L -1
- minéraux traces de Balch* 10 mL. L -1
- ajustement pH 6
*(Balch et al. 1979).
4.4.1 Accepteurs d’électrons
Au milieu de base sont ajoutés les accepteurs d’électrons suivants :
- thiosulfate 20 mM,
- sulfate 20 mM,
- sulfite 1 mM,
- nitrate 20 mM,
- nitrite 1 mM,
- cystine 50 mM
- soufre 10 g. L -1 .
L’absorbance à 600 nm et des comptages cellulaires ont été effectués après 8 h
d’incubation, et comparés à une croissance sur un milieu sans accepteur d’électrons ajouté.
La production de sulfure d’hydrogène (H 2 S) a été recherchée : elle résulte de la capacité de
la souche à réduire des composés soufrés. Pour cela, une goutte de la culture a été déposée
sur une bande d’acétate de plomb (Whatman) : l’apparition d’un brunissement témoigne de
la présence de H 2 S par rapport à la coloration obtenue avec un témoin non-inoculé, incubé
dans les mêmes conditions.
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