THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Discussion générale
Diversité des Bacteria, hors Proteobacteria (Figure 5)
Des séquences obtenues à partir de l’échantillon de cheminée étaient affiliées à des
séquences hydrothermales associées à des animaux et des sédiments, et appartenant aux
Verrucomicrobia et aux CFB (Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroïdes). La séquence
EBB110 ne présente que 89% d’identité avec la séquence la plus proche en banque (clone
hydrothermal de Paralvinella palmiformis) et 84% d’identité avec Caldithrix abyssi,
organisme d’origine hydrothermale constituant une branche nouvelle parmi les phyla
bactériens.
Des séquences affiliées à l’espèce Caminicella sporogenes ont été obtenues à 90°C
à partir de la culture en bioréacteur, et à 60°C à partir des cultures en flacon et en
bioréacteur. Cette espèce hétérotrophe et thermophile a été isolée d’un site hydrothermal de
la ride Est-Pacifique (Alain et al. 2002).
Au sein des Thermotogales, des séquences affiliées aux genres Marinitoga et
Thermosipho ont été obtenues. La température semble sélective pour les souches de
Marinitoga cultivées puisque les séquences obtenues à partir de la culture à 90°C en
bioréacteur sont étroitement apparentées à M. piezophila, alors que les séquences obtenues
à partir des cultures en flacon et en bioréacteur à 60°C sont affiliées à M. camini, espèce
également isolée de l’Atlantique. La souche correspondant à ces dernières séquences a pu
être isolée à partir de la culture en bioréacteur et l’espèce nouvelle a été décrite. Elle
présente une tolérance remarquable à la présence d’hydrogène dans la phase gazeuse,
contrairement aux deux autres espèces de ce genre, d’où son nom M. hydrogenitolerans.
D’autres Thermotogales ont été étudiées pour leur production d’hydrogène (Van Ooteghem
et al. 2002). Cette souche pourrait dès lors présenter un intérêt biotechnologique certain du
fait de cette caractéristique.
Des séquences affiliées à Thermosipho sp. ont également été obtenues à 60°C
(flacon et bioréacteur). La souche correspondante a été isolée et correspond à une espèce
nouvelle (une autre souche de cette espèce, isolée du même site, est en cours de
description au laboratoire : ‘Thermosipho keratinovorans’).
Des séquences affiliées au genre Deferribacter ont été détectées dans le bioréacteur
à 60°C, et une souche notée ‘DN’ a été isolée : l’analyse de sa séquence d’ADNr 16S
indique qu’il s’agit de l’espèce D. abyssi. La souche type a également été isolée du site
Rainbow. Il s’agit d’une thermophile anaérobie, chimiolithoautotrophe facultative pouvant
utiliser l’acétate comme source d’énergie. Elle utilise le soufre et le nitrate comme accepteur
final d’électron, ce qui a également été montré pour la souche ‘DN’ que nous avons isolée
dans cette étude.
Une autre souche autotrophe affiliée au genre Thermodesulfatator a été détectée
(clone 850) et isolée (souche T2R3) à partir de la culture en bioréacteur à 60°C. T. indicus
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