THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

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Résultats - Chapitre 1 Tableau 2 : Diversité bactérienne de l’échantillon de cheminée : distribution et affiliation phylogénétique des 96 séquences d’ADNr 16S obtenues par clonage. (SHOP = Source Hydrothermale Océanique Profonde, MAR = Mid Atlantic Ridge, EPR = East Pacific Rise) Affiliation phylogénétique Séquence type Nombre de clones a Représentant(s) le(s) plus proche(s) Identité (%) b ε Proteobacteria EBB98 22 Clone AT-pp6 (AY225613), microcolonisateur, Lucky Strike, MAR Clone VC2.1 Bac32 (AF068806), Vent-Cap, 98 97 Snake Pit, MAR EBB62 1 Sulfurimonas autotrophica (AB088431) 98 EBB108 1 Sulfurimonas autotrophica (AB088431) 97 EBB45 1 Clone AT-pp6 (AY225613), microcolonisateur, 97 Lucky Strike, MAR EBB10 10 Clone VC1.2-cl26 (AF367490) Vent-Cap, 99 Snake Pit, MAR EBB109 1 Clone VC1.2-cl51 (AF367496) Vent-Cap, Snake Pit, MAR isolat T4-KAC-str1 (AJ575810) colonisateur, 98 97 EPR 13°N EBB25 1 Endosymbionte de Rimicaris exoculata, 98 Rainbow, MAR (AJ515716) EBB70 1 Symbionte de gastropode, océan Indien, 96 clone SF_C23-F4 (AY531582) EBB26 1 Sulfurospirillum carboxydovorans (AY740528) 97 EBB27 1 Sulfurospirillum arcachonense (Y11561) 98 EBB34 1 Clone 3 (AY766315), Vent-Cap, Snake Pit, 98 MAR δ Proteobacteria EBB47 3 Pelobacter acidigallici (X77216) isolat 96 MaGa12-T (DSM 2377-T) EBB28 1 Desulfovibrio hydrothermalis (AF458778) 97 EBB100 17 Desulfovibrio hydrothermalis (AF458778) 97 EBB30 3 Y18049 Desulfovibrio zosterae 92 EBB129 1 Clone IndB2-42 (AB100004), Cheminée 96 inactive, Kairei field, océan Indien EBB72 1 Desulfovibrio hydrothermalis (AF458778) 95 EBB17 1 Desulfovibrio sp. HS2 (AY274444) 96 EBB76 1 Desulfovibrio aespoeensis (X95230) 92 EBB7 2 Desulfobacterium phenolicum (AJ237606) 94 EBB93 3 Desulfobacterium phenolicum (AJ237606) 93 EBB48 1 Desulfobacterium sp. LSv25 (AF099056) 91 EBB2 3 Desulfocapsa sulfoexigens (Y13672) 96 EBB74 1 Clone IndB2-42 (AB100004), Cheminée 97 inactive, fosse d’Okinawa, océan Indien γ Proteobacteria EBB71 1 Psychromonas profunda (AJ416756) 98 EBB50 2 Psychromonas antarcticus (Y14697) 98 Cytophaga EBB44 1 Clone SF_C9-B4 (AY531558), Océan Indien, 94 SHOP, gastéropodes EBB32 5 Clone CS_B045 (AF419687), Guaymas, 95 sédiments Verrucomicrobia EBB128 1 Clone P. palm A 24, Paralvinella palmiformis, 96 Juan de Fuca, EPR 13°N (AJ441246) Non classé EBB110 7 Clone P. palm C70, Paralvinella palmiformis, Juan de Fuca, EPR 13°N (AJ441232) Caldithrix abyssi (AJ430587) 89 84 a > 97% de similarité entre les séquences d’un même groupe, sur 700 pb approximativement. b Résultats de BLAST. 136
Résultats - Chapitre 1 6 Conclusion Ces résultats, complétés par un inventaire moléculaire réalisé sur une autre cheminée nommée ‘PICO’ et également prélevée sur le site Rainbow, font l’objet d’un article en préparation. La diversité des séquences obtenues des cheminées ATE2 et ‘PICO’ sont représentées sur les arbres phylogénétiques (réalisés par M-A Cambon-Bonavita) (Figures 4 à 7). La diversité archéenne obtenue pour les deux cheminées était similaire (Figure 4). De même, les ε-Proteobacteria était dominantes dans chacune des banques de séquences bactériennes. Toutefois, la majorité des ε-Proteobacteria étaient affiliées aux Nautiliales dans le cas de la cheminée ‘PICO’ et n’ont pas été détectées dans l’échantillon AT2E1-8. Par contre, 40% des séquences bactériennes issues de la cheminée AT2E1-8 étaient affiliées aux δ-Proteobacteria alors que ce groupe était peu représenté dans la seconde cheminée, et qu’un grand nombre de séquences de γ-Proteobacteria a été détecté dans ce dernier cas (Figure 6). Les différences observées peuvent être dues aux biais des techniques utilisées, mais peuvent aussi refléter une différence effective de la diversité microbienne entre ces deux cheminées. La cheminée AT2E est une cheminée plus ancienne que ‘PICO’, plus différenciée et le procédé d’échantillonnage a permis de représenter les différentes fractions minéralogiques. La cheminée ‘PICO’ était plus jeune, moins différenciée et traversée par des fluides plus chauds. Les séquences issues de l’analyse DGGE mettent en évidence des groupes phylogénétiques également détectés par l’analyse de clonage. Néanmoins, leur diversité est faible. La diversité obtenue par clonage est nettement plus importante que celle obtenue par DGGE et les séquences analysées permettent un positionnement phylogénétique plus précis car elles sont généralement plus longues. Il semble que la DGGE ne permette d’accéder qu’aux microorganismes dominants de l’échantillon ou du moins aux microorganismes les plus accessibles par PCR en utilisant les amorces dédiées à la DGGE. La diversité archéenne mise en évidence est relativement limitée, et les banques de séquences bactériennes sont dominées par les ε-Proteobacteria, comme l’ont déjà montré d’autres études portant sur la dorsale atlantique (Corre et al. 2001, Reysenbach et al. 2000). Les groupes d’Archaea détectés comportent tous des représentants cultivés, et correspondent à des hyperthermophiles. Il n’y a pas à ce jour d’Archaea mésophiles isolées des sources hydrothermales océaniques profondes. Les Bacteria détectées n’ont pas pu être toutes affiliées à des espèces proches isolées, et certaines appartiennent à des groupes de mésophiles. Ces microorganismes proviennent probablement des parties externes de la cheminée en contact avec l’eau de mer et par conséquent à une température plus basse. 137
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