THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

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Résultats complémentaires - Chapitre 2 Tableau 2 : Distribution et affiliation phylogénétique des séquences clonées d’ADNr 16S bactériennes. T7 et T28 correspondent aux échantillons de culture prélevés au 7 è et 28 è jour de culture respectivement. Echantillon Affiliation phylogénétique T7 T28 Séquence type a Nombre de clones (et %) Représentant le(s) plus proche(s) Identité (%) b γ-Proteobacteria T7b-61 1 (3%) Marine gamma Proteobacterium 98 BB2AT2 AF366042 T7b-40 14 (35%) Uncultured bacterium VC2.1 Bac31 98 ε-Proteobacteria AF068805 T7b-3 1 (3%) Uncultured bacterium VC2.1 Bac31 94 AF068805 Bacillus/ T7b-60 13 (33%) Caminicella sporogenes AJ320233 99 Clostridiales T7b-64 1 (3%) Bacillus jeotgali AF221061 97 Thermotogales T7b-19 9 (23%) Marinitoga piezophila AF326121 99 T28b-4 1 (4%) Proteobacterium Dex60-82 AJ431218 97 T28b-57 1 (4%) Uncultured Proteobacterium isolate 98 a2b004 AF420345 ε-Proteobacteria T28b-25 1 (4%) Uncultured bacterium VC2.1 Bac31 95 AF068805 T28b-12 1 (4%) Uncultured bacterium VC2.1 Bac30 96 AF068804 Bacillus/ T28b-36 2 (9%) Caminicella sporogenes AJ320233 99 Clostridiales Thermotogales T28b-17 14 (61%) Marinitoga piezophila AF326121 98 Aquificales T28b-10 3 (13%) Uncultured eubacterium CHA3-125 97 AJ132734 a > 97% de similarité entre les séquences d’un même phylotype. b résultats de BLAST. 154
Résultats complémentaires - Chapitre 2 Figure 1 : Evolution de la densité cellulaire au cours de la culture d’enrichissement en continu. Après 34 h de culture en batch dans le bioréacteur, un taux de dilution D = 0,04 h -1 a été appliqué. Des banques de clones ont été réalisées à partir des échantillons T7 (prélevé au 7è jour de culture) et T28 (prélevé au 28è jour de culture). Au-dessus des flèches sont indiquées les affiliations phylogénétiques des séquences issues de l’analyse par DGGE, et les périodes au cours desquelles elles ont été détectées. Après 41 jours de culture, le taux de dilution a été augmenté étape par étape jusqu’à lessivage complet de la culture (991 h : D = 0,1 h -1 , 1131 h : D = 0,2 h -1 , 1181 h : D = 0,4 h -1 , 1205 h : D = 1 h -1 , 1210 h : D = 2 h -1 ). 155
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