THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

More documents

Recommendations

Info

Résultats - Chapitre 1 1 Diversité morphologique Une extraction des cellules a été réalisée à partir de l’échantillon de cheminée AT2E1-8 selon le protocole décrit par Harmsen et al. (Harmsen et al. 1997b). Un marquage au DAPI et une observation en epifluorescence de ces cellules a permis de mettre en évidence une importante diversité morphologique : coques de taille variable, diplocoques, bâtonnets de longueur variable, droits ou incurvés, chaînettes de bacilles etc. (Figure 1). Le marquage des cellules au moyen de sondes oligonucléotidiques spécifiques (FISH) des Archaea et des Bacteria n’a malheureusement pas pu être réalisé, par manque d’échantillons conditionnés pour ce type d’étude. Figure 1 : Cellules totales extraites de l’échantillon de cheminée et observées en épifluorescence (X1000) après marquage au DAPI. 2 Extraction des acides nucléiques totaux et amplification des ADNr 16S A partir de 15 mL de suspension aqueuse de l’échantillon de cheminée AT2E1-8 et après agitation vigoureuse, les acides nucléiques totaux ont été extraits avec succès. Les ADNr 16S ont ensuite été amplifiés à l’aide d’amorces spécifiques des domaines Archaea et Bacteria qui permettent d’amplifier des fragments de 1900 et 1500 pb respectivement. Pour la DGGE, les amorces utilisées contiennent un GC-clamp de 40 nucléotides en 5’. Elles permettent l’amplification de fragments de 560 pb environ, fragments qui correspondent à la région hypervariable V3 des ADNr 16S archéens et bactériens. Les ADNr 16S obtenus par amplification ont été séparés par DGGE et par clonage. La DGGE permet une séparation directe des fragments alors que le clonage est une méthode indirecte. Le séquençage des fragments obtenus par les deux méthodes permet d’accéder à la diversité des séquences, et ainsi d’obtenir une image de la diversité des microorganismes présents dans la cheminée AT2E1-8. 130
Résultats - Chapitre 1 3 Diversité microbienne par DGGE L’utilisation de cette technique a été adaptée au cours de cette thèse pour analyser le suivi des populations microbiennes cultivées en bioréacteur. Cette technique a également été utilisée pour l’analyse de l’échantillon de cheminée AT2E1-8. Dans l’analyse des ADNr 16S archéens, 2 bandes ont été obtenues sur gel, et les fragments correspondant aux ont pu être extraits, ré-amplifiés et directement séquencés. Leur affiliation phylogénétique a été déterminée en utilisant le programme BLAST : - la séquence 3.1-EBA présentait 93% d’identité avec ‘Methanococcus aeolicus’, - la séquence 4.1-EBA présentait 96% d’identité avec Methanothermococcus okinawensis. Ces deux séquences sont affiliées à l’ordre des Methanococcales, ce qui suggère la dominance de ce groupe. De la même façon, les ADNr 16S bactériens séparés par DGGE ont permis d’obtenir 3 bandes : - la séquence 1-EBB présentait 93% d’identité avec Caldithrix abyssi (AJ430587) (Miroshnichenko et al. 2003a), une bactérie hydrothermale thermophile modérée, anaérobie, capable de réduire les nitrates et de pousser en mixotrophie. Cette souche a été isolée du site Logatchev (situé sur une roche ultramafique, de même que Rainbow) et représente une nouvelle lignée bactérienne ; - les séquences 2-EBB et 3-EBB présentaient respectivement 97 et 98% d’identité avec Desulfovibrio hydrothermalis (AF458778), bactérie mésophile, hydrogénotrophe, sulfatoréductrice isolée d’une source hydrothermale de la Ride Est-Pacifique (Alazard et al. 2003). 4 Diversité des clones archéens Le séquençage partiel des 100 89,4 fragments d’ADNr 16S clonés a permis d’obtenir des séquences d’une longueur d’environ 700 pb. Elles se répartissent en six phylotypes et sont affiliées aux trois ordres suivants : Methanococcales, Thermococcales et Archaeoglobales (Tableau 1). % de clones 80 60 40 20 0 Thermococcales 7,6 Methanococcales Archaeoglobales 3 Figure 2 : Distribution des séquences d’ADNr 16S d’Archaea obtenues par clonage à partir de l’échantillon de cheminée. 131
Page 1:
UNIVERSITE DE PROVENCE (AIX-MARSEIL
Page 4 and 5:
phylogénie, à Valérie Cueff-Gauc
Page 6 and 7:
5 Méthodes pour décrire et accéd
Page 8 and 9:
Chapitre III : Diversité microbien
Page 11 and 12:
Introduction bibliographique Table
Page 13 and 14:
Résultats et discussion 1 Chapitre
Page 15 and 16:
Introduction générale C’est en
Page 17:
Introduction bibliographique
Page 20 and 21:
Introduction bibliographique manife
Page 22 and 23:
Introduction bibliographique Tablea
Page 24 and 25:
Introduction bibliographique 1.3 Le
Page 26 and 27:
Introduction bibliographique 2 Faun
Page 28 and 29:
Introduction bibliographique Figure
Page 30 and 31:
Introduction bibliographique 3 Les
Page 32 and 33:
Introduction bibliographique denses
Page 34 and 35:
Introduction bibliographique Un aut
Page 36 and 37:
Introduction bibliographique incult
Page 38 and 39:
Introduction bibliographique 3.3 Di
Page 40 and 41:
Introduction bibliographique 3.4.2
Page 42 and 43:
Tableau 4 : Bacteria associées aux
Page 44 and 45:
Page 46 and 47:
Page 48 and 49:
Tableau 5 : Archaea associées aux
Page 50 and 51:
Introduction bibliographique 3.5 Le
Page 52 and 53:
Introduction bibliographique L’en
Page 54 and 55:
Introduction bibliographique Figure
Page 56 and 57:
Introduction bibliographique Tablea
Page 58 and 59:
Introduction bibliographique impliq
Page 60 and 61:
Introduction bibliographique ouvre
Page 62 and 63:
Introduction bibliographique 5 Mét
Page 64 and 65:
Introduction bibliographique b) Les
Page 66 and 67:
Introduction bibliographique 5.2 L
Page 68 and 69:
Introduction bibliographique - la s
Page 70 and 71:
Introduction bibliographique laquel
Page 72 and 73:
Introduction bibliographique Des t
Page 74 and 75:
Introduction bibliographique consti
Page 76 and 77:
Introduction bibliographique l’é
Page 78 and 79:
Introduction bibliographique L’am
Page 80 and 81:
Introduction bibliographique ou par
Page 82 and 83:
Introduction bibliographique matric
Page 84 and 85:
Introduction bibliographique Le but
Page 86 and 87: Introduction bibliographique très
Page 89: Matériel et Méthodes
Page 92 and 93: Matériel et méthodes Une cheminé
Page 94 and 95: Matériel et méthodes - par filtra
Page 96 and 97: Matériel et méthodes 2.3 Culture
Page 98 and 99: Matériel et méthodes D’autres t
Page 100 and 101: Matériel et méthodes L’étanch
Page 102 and 103: Matériel et méthodes 2.3.3 Condit
Page 104 and 105: Matériel et méthodes cellules ont
Page 106 and 107: Matériel et méthodes 2.4.3 Techni
Page 108 and 109: Matériel et méthodes 3 Techniques
Page 110 and 111: Matériel et méthodes ‣ Le cycle
Page 112 and 113: Matériel et méthodes 3.3 Extracti
Page 114 and 115: Matériel et méthodes 0,8 mm) intr
Page 116 and 117: Matériel et méthodes β-galactosi
Page 118 and 119: Matériel et méthodes fluorochrome
Page 120 and 121: Matériel et méthodes 3.7.2 Métho
Page 122 and 123: Matériel et méthodes 3.8 Hybridat
Page 124 and 125: Matériel et méthodes 4 Descriptio
Page 126 and 127: Matériel et méthodes coloration
Page 128 and 129: Matériel et méthodes 4.4 Caracté
Page 130 and 131: Matériel et méthodes après 8 h e
Page 133: Chapitre 1 Diversité microbienne d
Page 138 and 139: Résultats - Chapitre 1 Tableau 1 :
Page 140 and 141: Résultats - Chapitre 1 d’inculti
Page 142 and 143: Résultats - Chapitre 1 Tableau 2 :
Page 144 and 145: Résultats - Chapitre 1 Beaucoup de
Page 146 and 147: Résultats - Chapitre 1 Cheminée '
Page 148 and 149: Résultats - Chapitre 1 Cheminée '
Page 151: Résultats - Chapitre 2 Afin d’ac
Page 154 and 155: 146 Résultats - Chapitre 2
Page 161 and 162: Résultats complémentaires - Chapi
Page 175: Résultats complémentaires - Chapi
Page 179: Résultats - Chapitre 3 Afin de pou
Page 182 and 183: Résultats - Chapitre 3 Summary The
Page 184 and 185: Résultats - Chapitre 3 present stu
Page 186 and 187:
Résultats - Chapitre 3 Nucleic aci
Page 188 and 189:
Résultats - Chapitre 3 Analyses of
Page 190 and 191:
Résultats - Chapitre 3 while the n
Page 192 and 193:
Résultats - Chapitre 3 µm) occurr
Page 194 and 195:
Résultats - Chapitre 3 the optimal
Page 196 and 197:
Résultats - Chapitre 3 thermophili
Page 198 and 199:
Résultats - Chapitre 3 Conclusion
Page 200 and 201:
Résultats - Chapitre 3 Table 2. Id
Page 202 and 203:
Résultats - Chapitre 3 100 70 60 1
Page 204 and 205:
Résultats - Chapitre 3 Figure 3. W
Page 206 and 207:
Résultats - Chapitre 3 Grote, R.,
Page 208 and 209:
Résultats - Chapitre 3 Wery, N., C
Page 211:
Résultats - Chapitre 4 Une nouvell
Page 214 and 215:
202 Résultats - Chapitre 4
Page 216 and 217:
204 Résultats - Chapitre 4
Page 218 and 219:
Résultats complémentaires - Chapi
Page 221:
Discussion générale
Page 224 and 225:
Discussion générale Les Thermococ
Page 226 and 227:
Discussion générale est la seule
Page 228 and 229:
Discussion générale ε Proteobact
Page 230 and 231:
Discussion générale Figure 5 : Po
Page 233 and 234:
Conclusion et perspectives Les cond
Page 235 and 236:
Conclusion et perspectives Les tech
Page 237:
Bibliographie
Page 240 and 241:
Bibliographie Baross, J. & Deming,
Page 242 and 243:
Bibliographie Felsentein, J. (1981)
Page 244 and 245:
Bibliographie J Jannasch, H. W. & W
Page 246 and 247:
Bibliographie Marteinsson, V. T., B
Page 248 and 249:
Bibliographie Raguénès, G., Chris
Page 250 and 251:
Bibliographie Takai, K., Sugai, A.,
Page 253:
Annexes
Page 256 and 257:
Annexe 2 Protocole de clonage (kit
Page 258 and 259:
Annexe 3 Caractérisation d’une n
Page 261 and 262:
241 Annexe 4
Page 263 and 264:
243 Annexe 4
Page 265 and 266:
245 Annexe 4
Page 267 and 268:
247 Annexe 5
Page 269 and 270:
249 Annexe 5
Page 271 and 272:
251 Annexe 5
Page 274:
Diversité de populations microbien
show all

THESE Anne POSTEC DiversitÃƒÂ© de populations microbiennes ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?