THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Introduction bibliographique
incultivés DHVEG ont été détectés en abondance à la surface de la cheminée. Harmsen
et al. (1997a, 1997b) avaient déjà mis en évidence des communautés microbiennes
discrètes au niveau de cheminées de la dorsale médio-Atlantique en réalisant des cultures
d’enrichissement et des hybridations in situ (FISH). Des densités croissantes en
microorganismes avaient été observées, de l’intérieur de la cheminée vers l’extérieur, et de
la partie inférieure vers la partie supérieure. Il a été montré que les Archaea pouvaient
représenter jusqu’à 50% de la communauté microbienne associée à une cheminée
(Harmsen et al. 1997b). Dans une autre étude de 1997, après extraction des cellules sur les
parois externes de deux cheminées actives, une énumération a montré que la densité
microbienne pouvait atteindre 10 10 cellules g -1 (poids sec) (Chevaldonné & Godfroy 1997).
Dans une récente étude, une analyse de diversité microbienne a été réalisée sur différentes
fractions d’une cheminée prélevées sur la dorsale Juan de Fuca (Schrenk et al. 2003). Une
diminution de l’abondance totale des microorganismes a été mise en évidence de l’extérieur
de la cheminée (> 10 8 cellules. g -1 ) vers l’intérieur (< 10 5 cellules. g -1 ). Les observations
microscopiques indiquaient que les microorganismes étaient attachés aux surfaces
minérales de la cheminée. Des résultats d’hybridation sur cellules totales ont révélé une
prédominance des Archaea dans la structure interne de la cheminée (habitat
hyperthermophile) par rapport à la surface de la structure. Les banques de clones réalisées
à partir de régions internes de la cheminée contenaient des séquences affiliées aux
Thermococcales, aux Archaeoglobales et à des groupes de méthanogènes.
Une analyse de diversité a été réalisée sur des échantillons de cheminée du site
atlantique Lost City récemment découvert et situé sur une roche d’affleurement du manteau
(Schrenk et al. 2004). Les analyses phylogénétiques indiquent la présence d’un phylotype
prédominant affilié aux Methanosarcinales formant un biofilm sur les parois d’une cheminée
de carbonate.
Deux cheminées inactives, prélevées dans l’océan Pacifique et l’océan Indien, ont fait
l’objet d’analyses de diversité microbienne (Suzuki et al. 2004). La densité en
microorganismes a été estimée entre 1,7. 10 7 et 3,0 10 8 cellules. mL -1 . La proportion des
ADNr archéens détectés par PCR quantitative représentait tout au plus quelques pourcents
des ADNr totaux. Les banques de clones contenaient des séquences affiliées aux
Nitrospirae, Chlorobi, Acidobacteria, Actinobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia,
Bacteroidetes et aux sous-divisions α, β, γ, δ et ε des Proteobacteria, ainsi que des
Crenarchaeota et Euryarchaeota (groupes d’incultivés). Cette composition de la
communauté microbienne s’avère très différente de celle des cheminées actives. La
présence en abondance de ‘Magnetobacterium bavaricum’, une bactérie de la division des
Nitrospirae et porteuse d’un magnétosome, a été mise en évidence dans chacun des
échantillons.
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