THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Résultats complémentaires - Chapitre 2
Tableau 3 : Liste des paramètres qui ont été modifiés pour réaliser des sous-cultures en flacon.
Paramètres
Température 40, 50, 60, 70, 80 et 90°C
Soufre
Présence ou absence
Phase gazeuse N 2 /H 2 /CO 2 (90/5/5)
H 2 /CO 2 (80/20)
Milieux
F1
milieu F1 privé de matière organique (= base minérale et vitaminée)
GYPS
2216S *
Milieux particuliers Utilisation de 4 filtrats obtenues à partir de cultures de Thermococcus
sp. (AT1260) et Pyrococcus sp. (AT1261), en phase exponentielle et en
phase stationnaire. Chacun de ces filtrats, utilisé à 100% ou en mélange
avec le milieu F1 (50/50 v/v), a servi de milieu de culture.
Inoculum
- Différents échantillons de culture prélevés tout au long de la
fermentation (dont T7 et T28 analysés par clonage)
- Pasteurisation de l’inoculum
Potentiel rédox
Milieux réduits ou non
* milieu généralement employé pour la culture de Thermococcales (Godfroy et al. 1996).
La stratégie employée a consisté dans un premier temps à appliquer les conditions
de la culture en bioréacteur, pour la réalisation des cultures en flacon. Les premiers essais
de culture ont donc été réalisés sur milieu F1, à 90°C, en anaérobiose et à pH 6,5.
Différentes températures d’incubation ont ensuite été testées : de 40 à 90°C, avec des
milieux contenant ou non du soufre. Différents milieux ont également été testés, notamment
une série de cultures a été réalisée sur le milieu F1 privé de matière organique en présence
d’une phase gazeuse H 2 /CO 2 , conditions favorables à la croissance de souches autotrophes
telles que les Aquificales et possiblement les ε-Proteobacteria détectés dans le bioréacteur.
La pasteurisation de l’inoculum avait pour but de sélectionner la croissance des
microorganismes sporulant du groupe Bacillus/Clostridiales détectés par les méthodes
molculaires. L’abaissement de la température (jusqu’à 40°C), l’utilisation d’un milieu sans
soufre, de milieux non réduits et de milieux contenant du sucre (tel que le GYPS) ciblaient la
croissance sélective des Thermotogales (e.g. Marinitoga sp.) par rapport aux
Thermococcales, hyperthermophiles soufre-réducteurs et anaérobies strictes.
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