THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Introduction bibliographique
5 Méthodes pour décrire et accéder à la diversité microbienne
Le maintien de la biosphère dépend en particulier des processus microbiens qui sont à
la base de la vie sur Terre. L’analyse de la diversité microbienne est d’importance pour (i)
augmenter nos connaissances de la diversité des ressources génétiques issues des
communautés microbiennes, (ii) comprendre la distribution des microorganismes, (iii)
améliorer nos connaissances du rôle fonctionnel des communautés microbiennes, (iv) et
ainsi comprendre la régulation de la biodiversité, et estimer dans quelle mesure le maintien
de la fonction et la pérennité d’un écosystème dépendent du maintien d’un certain niveau de
diversité génétique.
5.1 Taxonomie et définition d’espèce
L'espèce constitue l'unité de base de la classification bactérienne. La définition
classique d'une espèce biologique (communauté d'êtres vivants reconnaissables par leurs
caractères et capables de se reproduire sexuellement entre eux en donnant naissance à une
progéniture fertile) n'est pas applicable aux procaryotes car (i) les critères morphologiques
ont peu d'intérêt du fait de la simplicité morphologique des bactéries et (ii) la reproduction
des procaryotes est végétative et asexuée ce qui rend le critère d’interfécondité
inapplicable. En microbiologie, une espèce est constituée par sa souche type et par
l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches de la souche type pour
être incluses au sein de la même espèce. Les critères permettant d'apprécier la parenté de
différentes souches ont varié dans le temps et il est possible de distinguer quatre grandes
périodes au cours desquelles ont été utilisées une taxonomie phénétique, une taxonomie
numérique, une taxonomie phylogénétique et une taxonomie polyphasique encore qualifiée
de "mixte et consensuelle" (polyphasic taxonomy). La définition de l'espèce diffère selon les
critères retenus pour apprécier la similitude des souches ce qui a conduit à constituer des
comités internationaux chargés de définir les critères et de proposer une définition de
l'espèce (Stackebrandt et al. 2002, Wayne et al. 1987).
Taxonomie phénétique
Les premières classifications bactériennes basées sur la comparaison de critères
morphologiques datent de la fin du XIX ème siècle. Jusqu'au début des années 1960, la
définition d'une espèce, et d'une manière générale toute la taxonomie bactérienne, reposait
sur une classification phénétique ou phénotypique. Cette classification utilise un faible
nombre de caractères considérés comme importants tels que la morphologie, la mise en
évidence d'un caractère biochimique jugé essentiel, l'habitat, le pouvoir pathogène etc. Le
choix des critères qualifiés "d'importants" est subjectif et il peut varier d'un auteur à un autre.
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