THESE Anne POSTEC Diversité de populations microbiennes ...

Résultats complémentaires - Chapitre 2
détection de séquences correspondant à des microorganismes inattendus en suspension
dans cette culture, à savoir thermophiles modérés et microorganismes incultivés, ne
s’explique donc pas par la présence d’un biofilm. De plus, les échantillons de culture
prélevés durant les premiers jours (jusqu’à 105 h) n’ont pas permis l’extraction d’acides
nucléiques, ce qui laisse penser que les souches détectées ultérieurement
(Bacillus/Clostridiales et Marinitoga sp. à partir de 124 h) correspondent à des souches qui
se seraient développées dans le bioréacteur. Par ailleurs, la majorité des phylotypes mis en
évidence dans l’échantillon de cheminée (e.g. Methanococcales, δ-Proteobacteria, cf. Chap.
1) n’a pas été retrouvée dans les séquences issues du bioréacteur ce qui conforte notre
dernière hypothèse de travail.
3 Sous-cultures et isolements
Deux souches appartenant à l’ordre des Thermococcales ont été isolées avec
succès : les échantillons prélevés après 8 et 12 jours de culture ont servi d’inoculum à des
sous-culture en flacon sur milieu F1 en présence de soufre et en anaérobiose. Les mêmes
conditions de culture ont été utilisées pour la réalisation de 4 séries de dilution successives,
qui ont permis d’isoler les souches suivantes : AT1260 correspondant à ‘Thermococcus
sulfurophilus’, et AT1261 proche de ‘Pyrococcus MV1079’. Ces souches, de part leur
absence d’originalité taxonomique et l’existence de souche très proches isolées par ailleurs,
n’ont pas fait l’objet d’une description. Néanmoins, ces microorganismes alimentent la
collection du laboratoire (Souchothèque de Bretagne), et pourraient présenter des
potentialités biotechnologiques (enzymes thermostables).
Nos efforts de sous-culture se sont ensuite portés sur la culture de microorganismes
plus originaux, car nouveaux ou inattendus étant données les conditions de la culture. De
nombreux essais ont été réalisés pour tenter de sous-cultiver et isoler les bactéries
détectées dans la culture d’enrichissement par l’approche moléculaire, en particulier celles
affiliées aux ε-Proteobacteria, ainsi qu’aux espèces bactériennes thermophiles modérées C.
sporogenes et M. piezophila. Les sous-cultures ont été réalisées à partir d’échantillons
prélevés tout au long de la culture d’enrichissement en fermenteur, et congelés à –20°C en
présence de 5% de DMSO. Les échantillons ayant servi d’inoculum ont été choisis en
fonction des résultats moléculaires qu’ils ont fournis. Différentes conditions ont été réunies
pour réaliser ces cultures.
161