La composizione chimica del protoplasma;

47Le polimerasi si attaccano in punti definiti del filamento di DNA chiamati siti di inizio contenentisequenze nucleotidiche specifiche, la sintesi dell’RNA procede in direzione 5’ - 3’ ad una velocità di30 nucleotidi al secondo (a 37° C).Il distacco dal DNA avviene in punti chiamati siti di terminazione alcuni di questi siti hanno bisognodi fattori di terminazione (di natura proteica).Perché la trascrizione cominci è necessario che la polimerasi leghi uno o più fattori d’inizio o fattoridi elongazione; questi sono proteine che si legano all’enzima quando è già ancorato al DNA.Muovendosi lungo la doppia catena di RNA la polimerasi dissocia temporaneamente i filamenti perun breve tratto (che corrisponde alle dimensioni del sito attivo), nel segmento aperto i nuovinucleotidi polimerizzano e si forma una breve doppia elica che si libera rapidamente nel momento incui il complesso enzimatico si muove, a questo punto per ragioni termodinamiche le due catene diDNA si chiudono.Le molecole di RNA polimerasi sono solubili e si muovono liberamente nel nucleoplasma, in questomodo avvengono continue e casuali collisioni con le eliche di DNA; il legame diventa stabile se ilcomplesso enzimatico incontra un promotore che definisce il sito di inizio e indica alla polimerasiquale filamento trascrivere.Difatti solo una delle due eliche (chiamata stampo) viene ricopiata in modo complementare diconseguenza il nuovo RNA avrà l’identica sequenza della catena opposta, salvo naturalmente lasostituzione delle basi T con le basi U.Legandosi al promotore la polimerasi copre un lungo tratto di DNA comprendente almeno 60 coppiedi basi, 40 delle quali prima (upstream) e 20 dopo (downsteam) il sito di inizio della trascrizione.Esoni ed Introni;I geni delle cellule eucariote sono costituiti da “blocchi” non contigui di sequenze nucleotidiche checodificano segmenti di proteine.Questi “blocchi” sono separati da sequenze di DNA “silente” che, almeno apparentemente, noncontengono informazioni genetiche; le sequenze di DNA che contengono le informazioni vengonochiamate esoni mentre quelle di DNA silente introni.Il significato funzionale di esoni ed introni;La funzione della frammentazione del gene in esoni ed introni non è ben nota.Gli introni sembra siano sequenze intercalate secondo un ordine casuale all’interno della catena;questa ipotesi poggia sul fatto che le sequenze introniche variano (sia come posizione che comelunghezza) anche in specie animali evolutivamente molto vicine.Il fatto che le sequenze geniche siano invece frammentate in esoni può invece essere utile a livellofunzionale.Secondo un ipotesi con l’evoluzione delle specie, solo alternando diversi “blocchi” di esoni, sisarebbero potute sintetizzare un altissimo numero di proteine con funzioni diverse; in pratica sisarebbero utilizzati gli esoni come dei “mattoni” prefabbricati da combinare tra loro in diversi modiper ottenere diverse proteine.La maturazione degli RNA;La biosintesi degli RNA coinvolge una serie complessa di reazioni enzimatiche che trasformano ilprimitivo prodotto di trascrizione dei geni in molecole mature e funzionanti.