Untersuchungen von Varianten des Polyomavirus-Hüllproteins VP1 im

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Puffer und Lösungen
10× Pfu-DNA-Polymerase-Puffer (Promega), dNTP-Mix (25 mM dATP, 25 mM dCTP,
25 mM dGTP, 25 mM dTTP)
2.1.13 DNA-Sequenzierung
Die DNA-Sequenzierung erfolgte nach der Kettenabbruchmethode (Sanger et al., 1977).
Die Sequenzierreaktion wurde mit einer thermostabilen Polymerase durchgeführt, so
dass die einzelnen Elongationszyklen zur Verringerung der erforderlichen Templat-
Konzentration bis zu 30 Mal wiederholt werden konnten (cycle sequencing, Krishnan et
al., 1991). Dabei wurden mit einem Infrarot-Farbstoff markierte Primer eingesetzt, die
eine simultane Detektion der Fragmente bei einer anschließenden Polyacrylamid-
Gelelektrophorese ermöglichten.
Für die Sequenzierreaktionen wurde das Sequitherm Excel II Long-Read Kit nach der
Standardvorschrift verwendet. 1.2-1.5 µl der einzelnen Reaktionen wurden auf ein
0.25 mm dickes und 40×25 cm großes Polyacrylamidgel aufgetragen. Die
Elektrophorese erfolgte bei 50 °C, 1500 V und war nach ca. 6-8 h abgeschlossen. Die
erhaltenen Sequenzen wurden mit dem Programm Base ImagIR (LI-COR) ausgewertet.
Die Leseweite betrug bis zu 1000 bp.
Geräte
DNA Sequencer: LI-COR 4000 (LI-COR), Thermocycler: Omn-E (Hybaid)
Kits
Sequitherm Excel II Long-Read DNA Sequencing Kit (Epicentre Technologies)
Puffer und Lösungen
Sequenziergel-Lösung (30 ml Sequagel XR-Lösung, 7.5 ml Sequagel-Puffer, 400 µl
DMSO, 300 µl 10 % (w/v) APS), 5× TBE (0.45 M Tris, 0.45 M Borsäure, 10 mM
EDTA, pH 8.0 (stellt sich ein))
2.2 Expression, Reinigung und Analytik von Proteinen
2.2.1 Bakterienanzucht zur Expression rekombinanter Proteine
Die Expression rekombinanter Proteine in E. coli erfolgte durch Animpfen einer 5-
20 ml Vorkultur mit einer Kolonie von einer frisch ausgestrichenen LB-Agar Platte oder
einer Glycerolkultur. Die Vorkultur wurde über Nacht bei 37 °C geschüttelt und zum
Animpfen der Hauptkultur verwendet. Dazu wurde die Vorkultur 100 bis 200-fach in
frischem LB-Medium in 1 l (bis zu 300 ml Medium) oder 5 l (bis zu 2 l Medium)
Schüttelkolben verdünnt. Die Kolben wurden dann bei 37 °C geschüttelt bis die Zellen
eine Dichte OD600 von 0.6 bis 1.5 erreicht hatten. Danach wurde die Expression der
rekombinanten Proteine durch Zugabe von 1000× IPTG-Lösung induziert. Die Kolben
wurden je nach Expressionssystem entweder weiter bei 37 °C für 4 h geschüttelt oder
über Nacht bei 15 °C.