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zur Folge, dass die für die Detektion notwendigen Sequenzen nach Fertigstellung der
SAM deutlich über der Schicht der Nachbelegungssubstanzen liegen würde. Dadurch
würde die Hybridisierung von Sonde und Target sterisch nicht gehemmt.
Eine Eigenschaft der SAM’s besteht darin, dass es sich nicht um starre Gebilde
sondern um adsorbierte Schichten mit einer gewissen Beweglichkeit handelt. So ist
bekannt, dass unvollständige SAM’s aus einem Alkanthiol zur Bildung hexagonaler
Segmente auf der Immobilisierungsoberfläche neigen 158 . Dieses Verhalten in Verbindung
mit Qualitätsschwankungen der einzelnen Sondenchargen kann zur Bildung
von Alkanthiol- und Sondensegmenten führen. In Kombination mit dem relativ
kleinen Monothiol-Linker besteht außerdem die Gefahr, dass die Abstände zwischen
den Sonden sehr klein werden. Dadurch können sich die Sonden bei der Hybridisierung
gegenseitig blockieren. Bei den Sonden mit Mehrfachlinker wirkt die
Kopplungsgruppe, wegen ihrer Größe, als eine Art Abstandshalter und minimiert
dadurch das Risiko einer partiellen Überbelegung. Bei den Scheibenelektroden
kommt noch hinzu, dass durch das langsame Abkühlen nach der Dehybridisierung
oder nach Messungen bei hoher Temperatur die Bildung solcher Alkanthiol- und
Sondensegmente zusätzlich gefördert wird. Wogegen bei den heizbaren Elektroden
wegen der schnellen Reaktion auf Änderungen im Heizstrom diese Eigenschaft
reduziert wird. Der Einfluss von Qualitätsschwankungen der Chemikalien bei der
SAM-Präparation wurde von Dr. Adamovski während ihrer Arbeiten über Alkanthiol-SAMs
auf Bismutelektroden bestätigt. Bei diesen Arbeiten zeigte sich, dass
nicht jeder absolute Alkohol als Lösungsmittel für die zu immobilisierenden
Alkanthiole geeignet ist. So waren die Chargen von einigen Herstellern dafür nicht
geeignet.
Ein weiteres Problem das vor allem bei Monothiol-Sonden auftritt, ist die Desorption
des Thiols bei hohen Temperaturen, hohen Salzkonzentrationen und stark negativen
Potentialen von der Oberfläche. Das geschieht bei Potentialen unter -600 mV vs.
Ag/AgCl oder hohen Pufferkonzentrationen. Der der Desorption zugrunde liegende
Mechanismus wurde 2004 von Munakata et al. beschrieben 159 . Dabei wird der am
Gold gebundene Schwefel in Anwesenheit von Protonen zu einer Thiol-Gruppe
reduziert. Dieses Thiol kann entweder von der Elektrodenoberfläche wegdiffundieren
oder bei einem Potential nahe 0 V wieder adsorbiert werden. Wenn die SAM nicht
vollständig ausgebildet ist wird der Vorgang zusätzlich begünstigt, da die Protonen
besser zu der adsorbierten Thiolgruppe gelangen können. Mit zunehmender Anzahl
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