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Dabcyl-markierten DNA-Fragmenten nur ein einziges Mal mit dieser Markierung
belegt wird, steht der Marker nur einmal für die irreversible Reaktion zur Verfügung.
Dadurch sind nur sehr geringe Hybridisierungssignale zu erwarten.
Nach Angaben von Florence wird das elektrochemische Verhalten von Azo-Verbindungen,
wie z. B. Dabcyl oder Methylorange, unter anderem von den jeweiligen
Substituenten an den Benzolringen des Moleküls bestimmt 160 , wodurch bei komplexeren
Azofarbstoffen, wie den sogenannten black hole Quenchern (BHQ1-3), ein
anderes Reaktionsverhalten nicht auszuschließen ist.
5.3.2 Weitere untersuchte Farbstoffe
Neben dem Dabcyl wurden außerdem noch voltammetrische Versuche mit
Fluorescein und dem in der Molekularbiologie als Texas Red bezeichneten Sulforhodamin
101 durchgeführt (Abb. 5.12). Da für diese Farbstoffe bereits elektrochemische
Nachweismethoden beschrieben wurden, lag hier ebenfalls die Vermutung
der Einsatzmöglichkeit dieser Substanzen als redoxaktive Targetmarkierung
nahe.
Abb. 5.12: Strukturen der beiden Farbstoffe
Bei beiden Fluoreszenzfarbstoffen konnte an der reinen Goldelektrode mittels ACV
und CV bei sehr niedrigen Potentialen ein Signal ermittelt werden. Allerdings
befanden sich diese Potentiale in einem Bereich von über -650 mV. In diesem
Potentialbereich kommt es zur Desorption der für die DNA-Hybridisierung
notwendigen SAM. Der sich daraus ergebende Anstieg überlagert das Messsignal
und erschwert dadurch die Messung zusätzlich. (Abb. 5.13).
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