Living Image 3.1

Living Image ® Software User’s Manual
11.4 3D Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
11.5 3D Tools - Mesh Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
11.6 3D Tools - Volume Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
11.7 3D Tools - Organs Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
11.8 3D Tools - Animation Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
11.9 Managing DLIT/FLIT Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
12 Troubleshooting Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
12.1 DLIT/FLIT Analysis Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
Appendix A IVIS Acquisition Control Panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Appendix B Preferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
B.1 General Preferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
B.2 User Preferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
B.3 Acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
B.4 Theme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
B.5 Tissue Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
B.6 3D Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
Appendix C Detection Sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
C.1 CCD Detection Efficiency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
C.2 Binning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
C.3 Smoothing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
Appendix D Image Data Display & Measurement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
D.1 Image Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
D.2 Quantifying Image Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
D.3 Flat Fielding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
D.4 Cosmic Ray Corrections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Appendix E Luminescent Background Sources & Corrections . . . . . . . . . . . . 203
E.1 Electronic Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
E.2 Background Light On the Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
E.3 Background Light From the Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206
Appendix F Fluorescent Imaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
F.1 Description and Theory of Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
F.2 Filter Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
F.3 Working with Fluorescent Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
F.4 Image Data Display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
F.5 Fluorescent Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
iii