2. Material und Methoden - ArchiMeD

Z37007|HHEA93W H. sapiens partial cDNA sequence; clone HEA93W; single read.
Length = 271
Score = 387 bits (195), Expect = e-105, Identities = 195/195 (100%), Strand = Plus / Plus
Query: 263 tgagttactcatcacacacactgtttgtgttgcagtgtatgagagggcagcatatgatcc 322
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Sbjct: 3 tgagttactcatcacacacactgtttgtgttgcagtgtatgagagggcagcatatgatcc 62
Query: 323 tgaatgaggacactattctggctttatttattgacatatttccattgtcttctgttttaa 382
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Sbjct: 63 tgaatgaggacactattctggctttatttattgacatatttccattgtcttctgttttaa 122
Query: 383 aagatggttctatttattgttcaacttaataaaaaacattgttttggttagggaggatag 442
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Sbjct: 123 aagatggttctatttattgttcaacttaataaaaaacattgttttggttagggaggatag 182
Query: 443 atttttctgttgctg 457
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Sbjct: 183 atttttctgttgctg 197
ERGEBNISSE
Abb. 25: DNA-Sequenzvergleich des 3´-Bereichs von EST-Klon Efc34 mit einer humanen cDNA-Sequenz.
Der 5´-Bereich der cDNA zeigte bei einer BlastX Suche Homologie zu dem murinen Klon
Z78160, sowie zu einer RNA-Erkennungsmotiv von Drosophila melanogaster (59%
Homologie) (Abb. 26).
gb|AAF13218.1|AF188205_1 (AF188205) Spen RNP motif protein long isoform [Drosophila
melanogaster]
Length = 5533
Score = 78.8 bits (191), Expect = 2e-14
Identities = 39/66 (59%), Positives = 48/66 (72%)
Frame = +2
Query: 38 DTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIE 217
DTSLKDGLFHE+KK GKVT V++ G + ERY LV F++ +D EKAL S K FFG +IE
Sbjct: 567 DTSLKDGLFHEYKKHGKVTWVKVVGQNSERYALVCFKKPDDVEKALEVSHDKHFFGCKIE 626
Query: 218 VTAWIG 235
V + G
Sbjct: 627 VEPYQG 632
Abb. 26: Aminosäurevergleich des humanen EST-Klons Efc34 mit einer RNA-Erkennungsmotiv von
Drosophila melanogaster.
Zur Isolierung eines mit der EST-Sequenz überlappenden cDNA-Klons wurden die in Abb. B
eingezeichneten vier Primer P34.1F und P34.1R sowie P34.2F und P34.2R synthetisiert. In
einer PCR mit humaner genomischer DNA bzw. humaner cDNA als Matrize lieferte die
Primerkombination P34.1F/P34.1R ein 151 Bp Produkt, die Primerkombination
P34.2F/P34.2R ein 141 Bp Produkt. Mit der Primerkombination P34.1F und P34.2R konnte
weder auf cDNA-Ebene noch auf genomischer Ebene ein Amplifikat nachgewiesen werden.
Die mit Hilfe der Primerkombination P34.1F/P34.1R und P34.2F/P34.2F isolierten PCR-
Produkte wurden radioaktiv markiert und als Sonden für eine Plaquefilterhybridisierung (siehe
2.8.3) eingesetzt. Hybridisiert wurde eine humane fetale Cochlea-cDNA-Bibliothek (16-22
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