2. Material und Methoden - ArchiMeD

ERGEBNISSE
Mit Hilfe des UniGene Programms (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene) wurden
diese EST-Sequenzen weiter analysiert. UniGene ist eine Datenbank, in der überlappende
EST-Klone automatisch zu einer Gruppe zusammengefasst werden. Jede UniGene-Gruppe
enthält Sequenzen, die vermutlich ein einziges Gen repräsentieren. Weitere Informationen
bezüglich der chromosomalen Lokalisation und des exprimierenden Gewebes sind angegeben.
Wie aus Tabelle 5 hervorgeht konnte mit Hilfe dieser Datenbank die Sequenzinformation aller
untersuchter EST-Klone verlängert werden. Die Klone Efc21 und Efc235 konnten um etwa
350 Bp verlängert und die übrigen EST-Klone auf über 1000 Bp ausgedehnt werden.
Die erweiterten Sequenzdaten wurden erneut auf Homologie zu bereits bekannten Nukleotid-
und auch Proteinsequenzen untersucht. Für den Vergleich der abgeleiteten
Aminosäuresequenzen mit Sequenzen aus Proteindatenbanken wurde das Computerprogramm
“BlastX” verwendet.
Von den 25 untersuchten EST-Sequenzen konnten sechs eindeutig bekannten Genen
zugeordnet werden. Die EST-Klone waren ausnahmslos im 3´-untranslatierten Bereich der
entsprechenden Gene lokalisiert, sodass die Zuordnung nur aufgrund der Sequenz-
verlängerungen möglich wurde. Es handelt sich dabei um die Klone Efc24 (High density
lipoprotein binding protein), Efc35 (Spleißfaktor), Efc49 (ATP-bindende Cassette), Efc77
(Translations-Initiations Faktor) und Efc199 (Collagen Typ 9). Die Klone Efc225, Efc59 und
Efc168 zeigen auf Nukleotid- bzw. auf Proteinebene eine signifikante Homologie zu
humanen, nicht weiter charakterisierten cDNA- bzw. Aminosäuresequenzen.
Der Klon Efc 190 zeigt auf Nukleotidebene eine deutliche Homologie zu der im Huhn
gefundenen p52-pro-apototischen Protein mRNA auf (Abb. 19). Die Aminosäuresequenz des
Leserahmens +2 bzw. +3 zeigt zu dem entsprechenden Protein eine Homologie zwischen 37%
und 100% (Abb. 20).
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