2. Material und Methoden - ArchiMeD
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Tabelle 14<br />
DISKUSSION<br />
Merkmale der fünf beschriebenen Hochdurchsatzmethoden der differenziellen Genexpression<br />
EST-Sequenzierung<br />
Mikroarray<br />
Hybridisierung<br />
Differential display<br />
Subtraktionshybridisierung<br />
SAGE<br />
Benötigte RNA-<br />
Menge<br />
1.0-5,0 µg<br />
poly(A)-RNA<br />
mindestens 1µg<br />
poly(A)-RNA<br />
10-100ng poly(A)-<br />
RNA<br />
10-100ng<br />
poly(A)-RNA<br />
1.0-5.0 µg<br />
poly(A)-RNA<br />
Durchsatz Benötigte<br />
Sequenzkapazität<br />
gering hoch<br />
hoch<br />
gering-mittel<br />
mittel<br />
hoch<br />
gering<br />
mittel<br />
gering<br />
hoch<br />
Benötigte bioinformat.<br />
Ausrüstung<br />
Standard-Datenbankvergleiche<br />
Spezieller Imaging-Computer,<br />
Standard-Datenbankvergleich<br />
Standard-Datenbankvergleich<br />
Standard-Datenbankvergleich<br />
Spezielle Software zur Aus-wertung<br />
der erhaltenen Sequenzen,<br />
Spezielle Datenbankvergleich<br />
4.3 Analyse von EST-Klonen aus einer humanen Chondrozyten-cDNA-<br />
Bank<br />
Trotz der Vielzahl der beschriebenen unterschiedlichen EST-Projekte ist noch kein Ansatz<br />
veröffentlicht, der sich auf die Charakterisierung des Expressionsprofils von Knorpelgewebe<br />
konzentriert. Gründe dafür liegen zum einen in der schweren Verfügbarkeit des Gewebes,<br />
zum anderen wird die RNA-Extraktion erschwert, da sich Knorpelgewebe aus nur wenigen, in<br />
extrazellulärer Matrix eingebetteten Zellen zusammen setzt. In der vorliegenden Arbeit wurde<br />
aufgr<strong>und</strong> der Verfügbarkeit einer humanen Chondrozyten cDNA-Bibliothek die Durchführung<br />
eines EST-Sequenzierprojekts beurteilt. Die ausgewerteten Sequenzdaten wurden auf<br />
Homologie zu bereits bekannten Nukleotidsequenzen untersucht <strong>und</strong> entsprechend der<br />
Funktion der zugr<strong>und</strong>eliegenden Genprodukte tabellarisch aufgelistet. Ziel des Projektes war<br />
zunächst, durch Sequenzierung einer kleineren Anzahl von Transkripten die Qualität der<br />
cDNA-Bibliothek zu evaluieren <strong>und</strong> die Möglichkeiten eines umfassenden EST-Projektes<br />
abzuschätzen.<br />
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