2. Material und Methoden - ArchiMeD

ERGEBNISSE
war. Zur Langzeitkonservierung wurden die untersuchten Phagen in 96 Loch-Format Platten
(Costar, Bodenheim) in SM-Medium/10% DMSO überführt und bei –30°C gelagert.
3.2.1 Auswertung der Sequenzdaten und Homologievergleich
Die erhaltenen Sequenzen wurden zunächst mit Hilfe der “Sequencher”-Software Version 3.0
(Gene Codes Corporation) editiert und Vektorsequenzanteile abgetrennt. Die Sequenzen, die
mehr als 3% Leseungenauigkeit bzw. kleiner als 100 Bp waren, wurden nicht weiter
bearbeitet. Zur Archivierung wurde eine Datenbank aller im Rahmen der vorliegenden Arbeit
sequenzierten Knorpel-ESTs mit Hilfe der “Sequencher”-Software erstellt.
Die ausgewerteten Sequenzdaten wurden auf Homologie zu bereits bekannten
Nukleotidsequenzen untersucht. Diese Analyse erfolgte mit Hilfe des Programms “BlastN”
am “US National Center for Biotechnology Information” (NCBI, release 112,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) (Altschul et al., 1990) gegen die “nicht-redundante”-
(nr) Datenbank. Sequenzen mit einem P-Wert kleiner 10 -10 wurden als Gene mit signifikanter
Homologie angesehen (Claudio et al., 1998). DNA-Sequenzen, die nach “BlastN” Analyse
diese Anforderung nicht erfüllten, wurden einem Vergleich gegen die EST-Datenbank
unterworfen.
Nach den Ergebnissen der Homologievergleiche lassen sich die ESTs in unterschiedliche
Kategorien einteilen. Die erste Kategorie beinhaltet EST-Sequenzen, die signifikante
Homologie zu cDNA-Sequenzen besitzen, die bekannten und charakterisierten Genen
entsprechen. Von insgesamt 251 sequenzierten Klonen konnten 155 EST-Klone (62%) dieser
Kategorie zugeordnet werden (Tab. 8.1-8.9).
In der zweiten Kategorie sind EST-Sequenzen zusammmengefasst, die Homologie zu
veröffentlichten cDNA-Sequenzen zeigen, über deren Funktion keine Information vorliegt. Es
handelt sich dabei zum Teil um PAC-, BAC- oder Cosmid-Sequenzen (Tabelle 9), zum Teil
sind es nicht weiter charakterisierte cDNA-Sequenzen (Tabelle 10). In diese Klasse konnten
34 EST-Klone (13%) eingeordnet werden.
Die dritte und vierte Kategorie umfassen 36 EST-Klone (15%), die nach Vergleich mit der nr-
Datenbank Homologien mit einem P-Wert größer 10 -10 aufzeigen, d. h. sie besitzen keine
signifikante Homologie zu bekannten Sequenzen. Sie wurden einem Vergleich gegen die
EST-Datenbank unterworfen. In der dritte Kategorie sind 25 Klone (10%) zusammengefasst
die nach Vergleich mit der EST-Datenbank signifikante Homologien zeigen (Tab. 11 und
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