2. Material und Methoden - ArchiMeD

3.3.2 Auswertung der Sequenzdaten
ERGEBNISSE
Insgesamt wurden 249 Integrate mittels M13R/M13F-PCR amplifiziert und doppelsträngig
sequenziert. Die erhaltenen Sequenzen wurden zunächst mit Hilfe der “Sequencher”-Software
Version 3.0 (Gene Codes Corportion) editiert, Vektorsequenz-Anteile wurden abgetrennt. Die
editierten Sequenzdaten wurden im Anschluss mit der “SAGE”-Software Version 1.00, die
von der John Hopkins Universität (Baltimore, USA) zur Verfügung gestellt wurde,
ausgewertet. Das Programm zerlegt zunächst Konkatemere in „Ditags“. Im Anschluß werden
die „Ditags“ in „Tags“ getrennt und in 5´→3´-Orientierung in ein Projekt abgelegt. Die
Parameter bei der Erstellung des Projekts wurden so gewählt, dass die „Tags“ aus 10 Bp
bestehen und die „Ditags“ eine Länge von 24 Bp nicht überschreiten sollten. „Ditags“ die
größer als 24 Bp, kleiner als 20 Bp sind bzw. sich aus zwei identischen „Tags“
zusammensetzten, wurden von der weiteren Auswertung ausgeschlossen. Die Sequenzierung
der 249 Integrate führte zur Generierung von 3335 „Ditags“ (6670 „Tags“), d. h. dass sich im
Durchschnitt jedes Integrat aus 13 „Ditags“ zusammensetzt. Von der „Sequencer-Software“
wurden 412 „Ditags“ aussortiert, da diese die erforderten Parameter nicht erfüllten, sodass
insgesamt 6258 „Tags“ weiter untersucht werden konnten.
Die Auswertung der „Tag“-Sequenzinformation ergab, dass die 6258 „Tags“ 3477
verschiedene Sequenzen repräsentieren. Der Hauptanteil (78,8%) lag als Einzelkopien vor,
gefolgt von einer Fraktion von 632 „Tags“ (18,2%) die in einer Kopienzahl zwischen 2 und 5
vorkamen. Lediglich zwei „Tags“ konnten in einer Kopienzahl größer 50 nachgewiesen
werden (Tab. 14).
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