2. Material und Methoden - ArchiMeD

ESTs ohne Homologie
DISKUSSION
In Kategorie (4) sind ESTs ohne Homologie zu Sequenzen der Datenbanken
zusammengefasst. Es handelt sich um wahrscheinlich neue Gene. Nur zwei Klone (Efc72 und
Efc173) besitzen einen offenen Leserahmen, eine durchgeführte Motivanalyse führte jedoch
zu keinem Ergebnis. Bei den übrigen EST-Klonen handelt es sich möglicherweise um
Sequenzabschnitte, die im 3´ untranslatierten Bereich der entsprechenden Gene liegen. Durch
Homologievergleich gegen die htgs-Datenbank konnten vier EST-Klone bestimmten
Chromosomen zugeordnet werden, jedoch ohne Angabe über die genaue Lokalisation auf dem
entsprechenden Chromosom, so dass keine Aussagen über mögliche gekoppelte Erkrankungen
gemacht werden kann. Weitere experimentelle Untersuchungen dieser ESTs mit dem Ziel, die
Sequenzinformation zu erweitern und die gewebe- bzw. entwicklungsspezifische Expression
zu ermitteln, sind nötig, um die Bedeutung dieser Gene während der Knorpelentwicklung
abschätzen zu können.
4.3.2 Gesamtbewertung der durchgeführten Sequenzierungen
Ein Vergleich des erhaltenen Expressionsmuster der Gene mit bekannter Funktion ist seit
März 2000 möglich. Ein EST-Projekt ausgehend von humanem Knorpel wurde auf dem 46.
jährlichen Treffen der ”Orthopaetic Research Society” (12.-15. März 2000, Orlando, Fl, USA)
vorgestellt. In diesem Projekt wurde aus humanem, fetalem Knorpel (Oberschenkel, 8-12
Schwangerschaftswoche) eine cDNA-Bibliothek hergestellt und 3632 ESTs sequenziert.
Davon zeigten 58% Homologien zu bekannten Genen, 19% zu ESTs, 5% zu DNA-Sequenzen
und 7% zu repetitiven Sequenzen. 11% der untersuchten Gene zeigten keine Homologie und
stellen wahrscheinlich neue Gene dar. Der Vergleich der prozentualen Verteilung der
unterschiedlichen funktionellen Klassen mit den hier beschriebenen Ergebnissen zeigt
deutliche Übereinstimmungen.
Die Generierung und Auswertung von 253 EST-Sequenzen bestätigte die Eignung der cDNA-
Bank zur Isolierung neuer, möglicherweise knorpelspezifischer Gene. Neben einer Vielzahl
bekannter Gene konnten 4,5% neue Gene isoliert werden. Des Weiteren zeigten 10% der
isolierten Klone Homologie zu noch nicht weiter charakterisierten EST-Sequenzen. Die hier
beschriebenen Ergebnisse stellen die Grundlage für ein vom DHGP gefördertem Knorpel-
EST-Projekt dar, welches eine umfassende Sequenzierung beinhaltet, woran sich ein
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