2. Material und Methoden - ArchiMeD

gi|2599492 (AF029071) p52 pro-apototic protein [Gallus gallus]
Length = 465
Score = 246 bits (621), Expect(3) = 1e-89
Identities = 110/158 (69%), Positives = 134/158 (84%)
Frame = +2
Query: 377 GEEIIPRGHRRGRIDDLRYQIDDKPNNQIRISKQLAEFVPLDYSVPIEIPTIKCKPDKLP 556
GEE++ GHR+GR+D +R+QIDDKP+ QIR+ KQL E VPL+ + ++P + KP KLP
Sbjct: 247 GEEVVVHGHRKGRVDPVRFQIDDKPHLQIRVPKQLPEIVPLESDLG-DVPVVDHKPSKLP 305
Query: 557 LFKRQYENHIFVGSKTADPCCYGHTQFHLLPDKLRRERLLRQNCADQIEVVFRANAIASL 736
LFK+QYEN +F+GSK ADPCCYGHTQFHL+PDKL+R+R + N DQIEVV+RAN IASL
Sbjct: 306 LFKKQYENKVFIGSKVADPCCYGHTQFHLIPDKLKRQRFIIANLEDQIEVVYRANGIASL 365
Query: 737 FAWTGAQAMYQGFWSEADVTRPFVSQAVITDGKYFSFF 850
FAWT AQAMYQGFW+EADVTRPFVSQAV+TDGKYF+FF
Sbjct: 366 FAWTAAQAMYQGFWNEADVTRPFVSQAVVTDGKYFAFF 403
Score = 106 bits (263), Expect(3) = 1e-89
Identities = 47/65 (72%), Positives = 54/65 (82%)
Frame = +3
Query: 840 FPFFCYQLNTLALTTQADQNNPRKNICWGTQSKPLYETIEDNDVKGFNDDVLLQIVHFLL 1019
F FFCYQLNTLALT + Q + RKNICWGT SKPLY+ +ED V+GFND+VLLQ+V FLL
Sbjct: 400 FAFFCYQLNTLALTAETIQKSSRKNICWGTDSKPLYDVVEDGSVRGFNDEVLLQLVGFLL 459
Query: 1020 NRPKE 1034
NRPKE
Sbjct: 460 NRPKE 464
Score = 37.9 bits (86), Expect(2) = 0.005
Identities = 16/21 (76%), Positives = 18/21 (85%)
Frame = +3
Query: 30 FALXADRWYQYFTKTVFLSGL 92
FAL ADRWY+ FTKTVF+ GL
Sbjct: 88 FALNADRWYRSFTKTVFVPGL 108
Score = 24.3 bits (51), Expect(2) = 0.005
Identities = 9/9 (100%), Positives = 9/9 (100%)
Frame = +2
Query: 5 KYMVYPQTF 31
KYMVYPQTF
Sbjct: 80 KYMVYPQTF 88
Score = 21.6 bits (44), Expect(3) = 1e-89
Identities = 13/35 (37%), Positives = 17/35 (48%)
Frame = +3
Query: 183 LXQEHFYLXXXXXXXXYEESEVISLPFLDQLVSTL 287
L QE +Y Y + + PFL QLVS+L
Sbjct: 185 LLQESYY-QNKKRPFLYRDQDHTPAPFLTQLVSSL 218
Abb. 20: Peptidsequenzvergleich des EST-Klone Efc190 mit BLASTX.
ERGEBNISSE
Bei sechs Klonen (Efc5, Efc58, Efc126, Efc172, Efc210 und Efc220) war auf Nukleotidebene
keine Homologie zu erkennen, während sie auf Proteinebene schwache Homologie (zwischen
26% und 58%) zu nicht-humanen Proteinen aufwiesen. Aufgrund der Sequenzverlängerung
konnte gezeigt werden, dass die Klone Efc162 und Efc241 repetitive Sequenzabschnitte
beinhalten. Bei acht (Efc21, Efc27, Efc43, Efc112, Efc166, Efc189, Efc205, Efc235) der 25
untersuchten EST-Klone konnte auch nach Sequenzverlängerung keine Homologie erkannt
werden.
Eine chromosomale Lokalisation von 24 der 25 EST-Klone war möglich. Die chromosomale
Lokalisation der Klone Efc5, Efc24, Efc59 und Efc77 war nicht eindeutig, sie wurden
verschiedenen chromosomalen Loci zugeordnet.
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