2. Material und Methoden - ArchiMeD

Tabelle 14
Prozentuale Verteilung aller ausgewerteten „Tags“
Anzahl
Anzahl
GenBank Treffer
Kopienzahl
der
einzelnen
„Tags“
aller „Tags“ verschiedener „Tags“
>100 496 (7,9%) 1 ( 0,03%) 0
50 und ≤100 81 (1,3%) 1 (0,03%) 0
10 und ≤50 830 (13,3%) 42 (1,2%) 35 (81%)
>5 und ≤10 451 (7,2%) 62 (1,8 %) 51 (82%)
>1 und ≤5 1661 (26,5%) 632 (18,2%) 383 (60,6%)
1 2739 (43,8%) 2739 (78,8%) nicht ausgewertet
Gesamt 6248 (100%) 3477 (100%) 469 (63,7%)
ERGEBNISSE
Im Anschluss wurden die „Tags“ auf Homologie zu bereits bekannten Nukleotidsequenzen
untersucht. Dafür musste innerhalb der “SAGE”-Software eine Datenbank aller verfügbarer
humaner Sequenzen (NCBI-release 104) erstellt werden. Nach Kopieren aller in der NCBI-nr-
Datenbank veröffentlichten Sequenzen, wurden diese von der „SAGE“-Software in Fragmente
zerlegt. Diese Fragmente bestanden aus 10-Bp die sich in 3´-Orientierung direkt an eine
NlaIII-Schnittstelle anschliessen. Die Parameter der „SAGE“-Software sind vom Hersteller so
eingestellt, dass nur die „Tags“ einem Sequenzvergleich unterworfen werden, die mit
mindestens zwei Kopien nachgewiesen werden konnten. Von 3477 verschiedenen „Tags“
wurden demzufolge nur 738 „Tags“ mit der erstellten Datenbank verglichen. Wie aus Tabelle
14 hervorgeht zeigen 469 „Tags“ (63,7) Homologie zu bekannten Sequenzen, 269 „Tags“
zeigen keine Homologie an. In Tabelle 15 sind die 40 häufigsten „Tags“ aufgelistet und die
Ergebnisse der Homologievergleiche. Auffällig ist, das die zwei „Tags“ die am häufigsten
nachgewiesen werden konnten, keine Homologie anzeigen. Es stellt sich heraus, dass es sich
um Fragmente der verwendeten Linker handelte. Besonders hervorzuheben ist des Weiteren,
dass von diesen 40 „Tags“ 16 Homologie zu verschiedenen ribosomalen Proteinen zeigen.
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