Das Amygdala-Konnektom der Ratte - RosDok - Universität Rostock

noch sehr begrenzt ist und die Auflösung eine sehr detaillierte Ontologie erzeugen würde.
Während die Laserscanning-Photostimulation einzelne Neurone und deren Konnektivitäten
untersucht, geht es in diesem Projekt um die Verbindung von Neuronenpopulationen (Kerne).
1.4 Gliederung der Amygdala
Konnektome sind aus Gebieten und Verbindungen aufgebaut. Sowohl Gebiete als auch
Verbindungen lassen sich mit zusätzlichen Informationen genauer präsentieren.
Neuroanatomische Gebiete lassen sich als Liste (Baumstruktur ohne Zweige), flache
Hierarchie mit geringerer Gliederungstiefe oder komplexe Hierarchie mit einer großen
Gliederungstiefe nach strukturellen und/oder funktionellen Kriterien angeordnet werden.
Anhand unterschiedlicher Kriterien wurden in den letzten Jahren und Jahrzehnten mehrere
Gliederungen des Mandelkerns vorgeschlagen, die wesentlichen Klassierungen der Gebiete
sollen im Folgenden dargestellt werden, da sie für die Analyse des Konnektoms von zentraler
Bedeutung sind.
Unter einer Ontologie (griech. οντολογία = Lehre vom Seienden, Bowden et al., 2007)
versteht man eine formale Repräsentation von Wissen, welche die Beziehungen zwischen
Entitäten und die Konzepte, die sie repräsentieren, kodiert (Bowden et al., 2007; Larson und
Martone, 2009). In Ontologien können Hierarchien und Systeme zur Strukturierung von
Wissen verwendet werden. In den Neurowissenschaften finden sich partitive Hierarchien, z.B.
nach dem Aspekt des strukturellen Aufbaus der Amygdala (Abbildung 2) und kategoriale
Hierarchien unter dem möglichen Aspekt der Funktion (Bowden et al., 2007). Ebenso nutzt
man das Konzept der Systeme, bei denen multiple Arten von Relationen innerhalb von
Gruppen von Entitäten spezifiziert werden, z.B. beim Konnektom (System von neuronalen
Verbindungen = Hodologie). Eine andere Form Wissen zu strukturieren ist das Prinzip der
Taxonomie (griech. Ταξονομία von τάξις (taxis) = Anordnung und νόμος (nomos) = Gesetz),
welche zu einem definierten Vokabular eine Klassifikation hinzufügt. Die untersuchten
Objekte, in diesem Fall die Kerngebiete der Amygdala werden nach bestimmten Kriterien (=
Kategorien = Taxa) klassifiziert. Die Ontologie ergänzt eine Taxonomie dabei um die
Möglichkeit, Bezüge (= Verzweigungen und Verbindungen, z.B. Region 1 „ist benachbart“ zu
Region 2, Region 1 „ist Teil von“ Region 2 oder Region 1 „ist umgeben“ von Region 2)
zwischen den Entitäten zu definieren, weit über Identifikator, Definition und Platz in der
Hierarchie hinaus (Larson und Martone, 2009). Komplexe räumliche Beziehungen können
also in Ontologien formalisiert werden, was für die Abbildung von topographischem Wissen
der Neuroanatomie genutzt werden kann (Casati und Varzi, 1999; Baldock und Burger, 2008;
Rosse und Mejino, 2008). Weder Ontologien noch Taxonomien sind starre Systeme, sie
unterliegen nach ihrer Erstellung einem ständigen Wandel, der neue Forschungsergebnisse
und Bezeichnungen berücksichtigen muss (Bowden and Dubach, 2005).
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