Das Amygdala-Konnektom der Ratte - RosDok - Universität Rostock

1) die linke und rechte Seite,
2) das vollständige zentrale und Komponenten des peripheren Nervensystem sowie
3) in dem stereotaktischen Ratten Atlas nicht kartierte Überregionen (z.B. Hypothalamus,
Thalamus, sensomotorischer Kortex u.v.m.) verfügbar sind.
Es wurden bestimmte Funktionen von neuroVIISAS verwendet, um die Fragestellungen
dieser Arbeit anzugehen. Hierzu gehört die Ontologie-Generierung, um die Gliederung der
Amygdalagebiete vorzunehmen. Von zentraler Bedeutung ist die Konnektivitätenverwaltung
mit Import-, Filter-, Sortier-, Korrektur- und Exportfunktionen. Die planare und räumliche
Darstellung der Gebiete der Amygdala ist für die Navigation aber auch
Konnektivitätenvisualisierung notwendig. Als weiterer wichtiger Funktionsbereich wurden
die unterschiedlichen Möglichkeiten von Netzwerkanalysen (globale, lokale, Subgraphen,
multivariate, Filterdesigns) verwendet und mit räumlichen und räumlich konnektionalen
Visualisierungen integriert. Schließlich wurde das Amygdala-Konnektom auf potenzielle
Ziele von Robustheits- bzw. Vulnerabilitäts-analytischen Methoden untersucht. Multiskalen-
Analysen unterschiedlich aufgelöster Gliederungen erfolgten, um Netzwerke zu vergleichen
und quantitativ zu charakterisieren. Die hierfür erforderlichen Methoden werden im
Folgenden und an geeigneten Stellen im Ergebnisteil vorgestellt.
2.2.1 Neuroontologie
Ausgehend von der aktuellsten Gliederung der Ratten-Amygdala von de Olmos (2004),
erfolgten im Verlauf der Tract Tracing Artikel-Auswertung Einfügungen von Regionen, die in
den Publikationen abgegrenzt wurden. Häufig handelt es sich um sehr kleine Teilbereiche von
Unterkerngebieten, in denen anterograd dargestellte Axonterminale oder retrograd markierte
Perikaryen lokalisiert sind. Je kleiner die Regionen sind, desto häufiger generieren Autoren
neue Bezeichnungen für diese und desto häufiger werden neue Teilgebiete in der Literatur
eingeführt. Die Anordnung von Gebieten auf unterschiedlichen Hierarchieebenen erfolgt
entsprechend der neuroanatomischen Systematisierung komplexer Neuronenpopulationen, die
in Kerngebieten verteilt sind und bestimmte zytoarchitektonische, histochemische,
hodologische und/oder funktionelle Eigenschaften haben. Nach der Erzeugung eines
Wurzelknotens der Hierarchie wie z.B. „Rat“ lassen sich beliebige Knoten (gleichbedeutend
mit einer neuroanatomischen Entität: Faserstrang, Region, Area, Neuronentyp, Fissur u.a.) in
dem Hierarchiefenster (Abbildung 8) mit der Rechtsklickfunktion des Mauszeigers
generieren. Zusätzlich werden die Abkürzungen und unterschiedlichen Langnamen einer
Region mit Literaturverweisen in eine knotenspezifische Synonymtabelle (Abbildung 8)
eingetragen.
Aus einer Hierarchie lässt sich eine Ontologie bilden, indem die zuvor eingegliederten
Gebiete mit Attributen (allgemeinen Eigenschaften) versehen werden (Abbildung 9) und
Beziehungen zwischen Gebieten definiert werden (Abbildung 10). In neuroVIISAS lassen sich
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