Das Amygdala-Konnektom der Ratte - RosDok - Universität Rostock

Terminals ipsi – contra: bei ipsilateralen Verbindungen: „IPSI“, bei kontralateralen
Verbindungen „CONTRA“.
T: tracer transport: retrograd „r“, anterograd „a“, retrograd und anterograd „a/r“
Die Excel (oder auch OpenOffice) Tabelle wird als strukturierte Text Datei im „*.csv“ Format
exportiert. Zwischen den Spalten muss ein Tabulator-Zeichen als Delimiter gesetzt werden
und die Zellelemente dürfen nicht besonders abgegrenzt werden (Abbildung 12).
Abbildung 12: Die von Excel exportierte strukturierte Textdatei kann nur in dieser Form von neuroVIISAS
importiert werden.
2.5 Konnektivitätsanalysen
Zur Vorbereitung der Auswertung und Analyse der Konnektivitäten wurde die in
neuroVIISAS implementierte Gliederung der Amygdala in Form einer ontologischen Variante
(Schmitt und Eipert, 2012) umgearbeitet, damit sie der nach de Olmos (2004) entspricht. Die
Änderungen waren notwendig, um die Einteilung optimal abbilden und korrekte Aussagen
zum Modell nach de Olmos, frei von Überlagerungen durch andere Autoren und
Nomenklaturen machen zu können.
Hierfür wurden Varianten (de Olmos, Pitkänen) der ursprünglichen Gliederung angelegt.
Kerne wurden gelöscht, verschoben und zusammengeführt. Die in neuroVIISAS genutzte
Gliederung orientiert sich wie vorher erwähnt an der Gliederung nach de Olmos (2004) und
Nomenklatur von Paxinos (2007). Auf den Versuch einer Integration von Regionen des
Zentralnervensystems in andere, wie sie Kamper in seiner Dissertation (2004) durchführt,
wurde weitestgehend verzichtet, da viele Autoren entweder keine oder ungenaue Angaben zur
Beziehung ihrer Nomenklatur mit anderen Systemen machen und im Rahmen dieser Arbeit
eine sehr fein granuläre Gliederung unter Erhalt der Information von Feingliederungen (z.B.
das ventrolaterale Subfield des rostralen Teils der lateralen preoptischen Area (LPOrvl))
angestrebt wurde. Die Einteilung wurde also, wenn eine eindeutige Entsprechung nicht
auszumachen war, um Kerngebiete und Unterkerne erweitert. Dies führte auch dazu, dass
Kerne, die wahrscheinlich identisch sind, mehrmals mit unterschiedlichen Namen in der
Gliederung vorkommen. Auf relativ fein granulären Hierarchieebenen hat die implementierte
Gliederung Ungenauigkeiten, die sich, je geringer auflösend man arbeitet, jedoch reduzieren.
Ein Problem ergab sich beim Laterobasal nuclear complex, da hier konkurrierende
Nomenklaturen mit jeweiligen Konnektivitäten bestanden. Wie Pitkänen (2000) tabellarisch
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