Das Amygdala-Konnektom der Ratte - RosDok - Universität Rostock

2 Material und Methoden
2.1 Material
Als Material wurden ausschließlich Publikationen ausgewertet, in denen anterograde oder
retrograde Tract Tracer Substanzen stereotaktisch in das Gehirn der Ratte injiziert wurden.
Die Publikationen wurden überwiegend aus der Literaturdatenbank PubMed
(http://ncbi.nlm.nih.gov) gefiltert. Hierzu wurde der folgende Filter angewendet:
amyg* AND rat AND brain AND (pathway* OR projection* OR afferent* OR efferent* OR
connect*) AND (trace* OR tracing OR retrog* OR anterog*) NOT (virus OR viral)
Mittels dieses Filters wurden 486 Arbeiten bestimmt. Zusätzlich wurden 3 Übersichtsartikel
in Zeitschriften und Monographien ausgewertet (Turner, 1981; Pitkänen, 2000; de Olmos,
2004), die Projektionsdaten der Amygdala der Ratte enthielten. Sämtliche Literaturstellen
wurden entweder direkt aus den elektronischen Datenbanken der entsprechenden Verlage
heruntergeladen oder im Internet mittels der Google Suchmaschine gesucht. Artikel, die nicht
direkt beschaffbar waren, wurden per E-Mail Anfrage oder Fernleihbestellung geordert.
Sämtliche Literaturstellen wurden manuell in das Open Source Literatur-
Verwaltungsprogramm JabRef (http://jabref.sourceforge.net/) eingetragen oder direkt von
PubMed importiert. JabRef erlaubt es die Literaturdatenbank der Amygdala Tract Tracing
Literatur in Form einer Textdatei im bibtex Format zu sichern, welche wiederum von
neuroVIISAS importiert werden kann, um jede analysierte Konnektivität mit der
entsprechenden Literaturstelle zu verknüpfen.
2.2 neuroVIISAS
Das neuro Visualization Image Information System Analysis and Simulation Programm
neuroVIISAS (Schmitt und Eipert, 2012) ist ein generisches, nicht auf bestimmte Spezies oder
Nervensystem-Komponenten festgelegtes Programm zur Integration und Simulation
neurowissenschaftlicher Daten (beliebig gefärbte histologische Serienschnitte, Atlas-, MRI-,
CT-, DTI-Bildstapel-, Tract Tracing- bzw. Konnektivitätsdaten, Neuroontologien,
Funktionsdaten, neurophysiologische Daten u.a.). Die Daten sind in Projekten organisiert, die
sich beispielsweise nach Organismen gliedern lassen. In der vorliegenden Arbeit wurde das
Ratten Atlas Projekt (ratFrontal_26_01_2012_atlas.brain) verwendet. In diesem Projekt sind
sämtliche Konnektivitätsdaten von bislang 2020 ausgewerteten Publikationen zu
unterschiedlichen Systemen (Amygdala, Cerebellum, Cortex cerebri, extrapyramidalmotorisches
System, Rückenmark u.a.) verfügbar. Dieses Projekt hat den Vorteil, das neben
sämtlichen Gebieten des stereotaktischen Ratten Atlas (Paxinos und Watson, 2007)
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