verzeichnisse - ArchiMeD - Johannes Gutenberg-Universität Mainz
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8 Anhang 143<br />
8.3 Lage aller Oligonukleotide in der murinen La/SS-B-cDNA<br />
In der folgenden murinen La/SS-B-cDNA-Sequenz sind alle Primer und Sonden enthalten, die für<br />
PCRs mit La/SS-B-cDNAs und in situ-Hybridisierungen verwendet werden. Vorwärtsprimer sind durch<br />
(→), Rückwärtsprimer durch (←) gekennzeichnet. Alle Rückwärtsprimer tragen außerdem den Zusatz „-R“<br />
oder „-Rück“. Fett dargestellt sind das Start-AUG im Exon 2, das Stop-Codon im Exon 11 und artifizielle<br />
Restriktionsschnittstellen in den Primersequenzen. Die drei alternativen Exon 1 (Exon 1a, 1b und 1c) sind<br />
einzeln dargestellt. Die Sequenz beginnt mit dem ersten alternativen Exon 1 (Exon 1a bzw. Exon 1b). Im<br />
ersten Exon ist die Sequenz doppelt unterstrichen, um die das Exon 1b im Vergleich zum Exon 1a<br />
verlängert ist. Ab dem Exon 2 ist jedes geradzahlige Exon unterstrichen. Das Exon 11 ist doppelt<br />
unterstrichen, um es von der 3’-UTR abzugrenzen.<br />
Exon 1a / Exon 1b<br />
Iso-Ex1a/b-Vor (→)<br />
GAATTCCAGGCGCTTCTGTCGTTG<br />
Maus-mRNA-F1 (→) Maus-<br />
CAGGCGCTTCTGTCGTTGT TGAAGCTG<br />
1 TGCTGTCGGGCCCGCCGGCGCTCGGAAGTCCAGGCGCTTCTGTCGTTGTTCTTGAAGCTG 60<br />
Exon 1b-antisense/sense<br />
ATCCGAATCTTTGAGGTGAGCTTCTG<br />
mRNA-F2 (→)<br />
Exon 1a-antisense/sense<br />
TGGTGACCGTG<br />
AGGTGAGCTTCTTGGAGACTGAGGAGA<br />
61 TGGTGACCGTGGGATCCGAATCTTTGAGGTGAGCTTCTTGGAGACTGAGGAGA 113<br />
Exon 1c<br />
1 TTACCAACTACATGAAGAGTTTGGTTACAAAGTAGGATTTACTGGGAGGAGGGGTTGTTG 60<br />
61 ATCTGAGTTTTCCATCCATAATCCAAGGTGTTGCTTTGTTGAGATGTATGAGAATTCATA 120<br />
Exon 1c-antisense/sense<br />
TACTC<br />
Iso-Ex1c-Vor (→)<br />
GAATTCACTC<br />
Maus-mRMA-F3 (→)<br />
ACTC<br />
121 GGGAAACCTGTAAGGTTAGGAATTCTTGAAATTAAAAAAAAAGTGGCATACTTTTTACTC 180<br />
Exon 1c-antisense/sense<br />
ATTCTCTTGTATTGACTATTATATA<br />
Iso-Ex1c-Vor (→)<br />
ATTCTCTTGTATTGACTA<br />
Maus-mRMA-F3 (→)<br />
ATTCTCTTGTATTGACTAT<br />
181 ATTCTCTTGTATTGACTATTATATAAAAATAATAACCTTCCTACC 240<br />
Exon 2 – Exon 11<br />
La-Murin-RT-PCR-Vor (→)<br />
1 GAATTCGAAACTTTACAGATAGCCAC<br />
AGTGTGAGAAACTTTACAGATAGCCACA 28<br />
29 ATGGCTGAAAATGGAGATAATGAAAAAATGACTGCTTTGGAGGCCAAAATCTGTCATCAA 88<br />
1 M A E N G D N E K M T A L E A K I C H Q 20<br />
89 ATTGAGTATTATTTTGGAGACTTCAATTTGCCACGAGACAAGTTTTTAAAAGAACAGATC 148<br />
21 I E Y Y F G D F N L P R D K F L K E Q I 40<br />
149 AAATTGGATGAAGGCTGGGTACCTTTGGAAACAATGATAAAATTCAACAGGCTAAACCGG 208<br />
41 K L D E G W V P L E T M I K F N R L N R 60<br />
209 CTGACAACAGACTTTAATGTAATTGTGCAAGCACTGAGCAAATCTAAGGCAAAACTCATG 268<br />
61 L T T D F N V I V Q A L S K S K A K L M 80<br />
Maus-mRNA-R1 (←)<br />
TAGAAGATCACCAAGCAGACC<br />
269 GAAGTCAGTGCAGACAAAACTAAAATTAGAAGATCACCAAGCAGACCACTCCCTGAAGTG 328<br />
81 E V S A D K T K I R R S P S R P L P E V 100<br />
La-Murin-P5R (←)<br />
GTTTCCCAACT<br />
329 ACGGATGAGTATAAGAATGATGTAAAAAACAGATCTGTTTATATTAAAGGTTTCCCAACT 388<br />
101 T D E Y K N D V K N R S V Y I K G F P T 120<br />
La-Murin-P5R (←)<br />
GACGCCACCC<br />
389 GACGCCACCCTTGATGATATAAAAGAATGGCTAGACGATAAAGGCCAAATACTGAATATT 448<br />
121 D A T L D D I K E W L D D K G Q I L N I 140
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