verzeichnisse - ArchiMeD - Johannes Gutenberg-Universität Mainz
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30<br />
3 Materialien<br />
3.20 Synthetische Oligonukleotide<br />
IR-markierte Oligos für Sequenzierungen wurden von der Firma MWG-Biotech (Ebersberg), alle<br />
anderen von der Firma GenTech (<strong>Mainz</strong>) (Prof. Dr. W. Hennig) bezogen. Alle stromaufwärts (zum<br />
5’-Ende) gerichteten Primer tragen am Ende ihres Namens ein „R“ oder die Bezeichnung „Rück“. In den<br />
folgenden Tabellen sind die Bezeichnung der Oligos (Spalte 1), ihre Annealing-Temperatur in [°C]<br />
(Spalte 2), ihre Binderegion (Spalte 3) und ihre Sequenz von 5’ nach 3’ (Spalte 4) dargestellt. Die genauen<br />
Binderegionen finden sich im Anhang (8.2 bis 8.4) bei den jeweiligen Sequenzen. Wird in der Spalte<br />
„Binderegion“ die Bezeichnung „Exon“ oder „Intron“ verwendet, so binden die Oligos an das jeweilige<br />
Exon bzw. Intron des murinen La/SS-B. Oligos, die an die humane La/SS-B-Sequenz binden, sind durch<br />
die Bezeichnung „hLa“ gekennzeichnet. Die fettgedruckten Sequenzbereiche kennzeichnen artifizielle<br />
Restriktionsschnittstellen (EcoR I = GAATTC; Not I = GCGGCCGC; Nhe I = GCTAGC; Xho I = CTCGAG)<br />
und artifizielle Start-AUGs bzw. Stop-Codons.<br />
Sequenzierungs-Primer<br />
T7 46°C T7-Sequenz AAT ACG ACT CAC TAT AG<br />
SP6 62°C SP6-Sequenz GAT TTA GGT GAC ACT ATA G<br />
T3 46°C T3-Sequenz ATT AAC CCT CAC TAA AG<br />
BaInt1 60°C Intron 6 CTG GAA TCC ATG ATA AAG TGG<br />
BaInt2 62°C Intron 6 CCA CAT GCA TGC ATG GTA CC<br />
Primer zur Überprüfung von Klonierungen<br />
T7 46°C T7-Sequenz AAT ACG ACT CAC TAT AG<br />
SP6 62°C SP6-Sequenz GAT TTA GGT GAC ACT ATA G<br />
SP6-pcDNA3 56°C pcDNA3-Vektor GCA TTT AGG TGA CAC TAT AG<br />
T7-pET-Vor 54°C pET28-Vektoren TTA ATA CGA CTC ACT ATA GG<br />
T7-pET-Rück 58°C pET28-Vektoren GCT AGT TAT TGC TCA GCG GT<br />
Primer zur Herstellung einer Dig-markierten Sonde für Northern-Blots<br />
La-Murin-RT-PCR-Vor 68°C Exon 2 GAA TTC GAA ACT TTA CAG ATA GCC AC<br />
La-Murin-RT-PCR-Rück 90°C Exon 11 GCG GCC GCA ACT ACT TGT CTC TAG CAC C<br />
Primer zur Detektion der murinen La/SS-B-mRNA-Isoformen in Geweben und Kulturzellen<br />
Maus-mRNA-F1 60°C Exon 1a/b CAG GCG CTT CTG TCG TTG T<br />
Maus-mRNA-F2 60°C Exon 1 a/b TGA AGC TGT GGT GAC CGT G<br />
Maus-mRMA-F3 60°C Exon 1c ACT CAT TCT CTT GTA TTG ACT AT<br />
Maus-mRNA-R1 62°C Exon 4 GGT CTG CTT GGT GAT CTT CTA<br />
GAPDH-Vor 60°C GAPDH-cDNA AAT GCA TCC TGC ACC ACC AA<br />
GAPDH-Rück 62°C GAPDH-cDNA GTC ATT GAG AGC AAT GCC AGC
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