Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS ...

Appendix A Software ReferenceImporting Plate Document Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-41. File Version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5Plate Characteristics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-52. Plate Size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-53. Plate ID . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5Detector Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-64. Number of Detectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-65. Detectors List Header . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-66. Detectors List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-7Marker Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-87. Number of Markers (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-88. Markers List Header (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-89. Markers List (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-9Well-Detector Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1010. Well-Detector List Header . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1011. Well-Detector Definition List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-10Well-Marker Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1212. Well-Marker List Header (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1213. Well-Marker Definition List (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . A-12Example Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-14Exporting Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-16Exporting Plate Document Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-16Operating the SDS Software from a Command Line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-18Using the Search Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-20Connecting SDS Software to the Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-22Appendix B Designing TaqMan Reagent-Based AssaysAssay Development Guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-2Design Tips for Allelic Discrimination Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-5Design Tips for Quantitative PCR Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-6Appendix C Kits, Reagents, and ConsumablesInterchangeable Sample Block Modules and Accessories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-2Consumables and Disposables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-3Instrument Maintenance and Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-5TaqMan Pre-Developed Assays and Reagents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-6Custom Oligonucleotide Synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-6viiiApplied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS Enterprise Database User GuideDRAFTSeptember 1, 2004 11:40 am, 4351684ATOC.fm