Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

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Tesis Doctoral 96 Figura 4.4. Análisis funcional de los grupos o módulos de genes más relevantes de la red de coexpresión. El análisis de enriquecimiento se realizó con la herramienta DAVID. 4.3.2 Diferencias evolutivas entre HKG y TSG Los HKG y los TSG identificados de acuerdo con los métodos descritos en las secciones 4.2.3 y 4.2.4 muestran, como cabría esperar, un perfil de expresión muy distinto a lo largo del conjunto de 96 microarrays (ver figura 4.5). Nivel de expresión a b Nivel de expresión Muestras Muestras Figura 4.5. Diferencias en el perfil de transcripción entre un gen específico de tejido y un gen housekeeping. En la figura (a) se muestra el perfil del gen CEACAM8 expresado únicamente en médula ósea, mientras que en (b) se muestra el perfil del gen ACTB transcrito en todos los tejidos.
Capítulo 4 Si analizamos los genes desde el punto de vista evolutivo, se pueden encontrar también marcadas diferencias entre los HKG y los TSG. En la figura 4.6 se compara el grado de conservación medio en las tres especies entre los HKG y los TSG. Se han identificado los distintos subgrupos de HKG (los presentes en 1, 2, 3 y 4 métodos), y los distintos niveles de TSG (niveles jerárquicos 1, 2 y 3). Los diagramas de cajas muestran una gran variabilidad entre los genes de cada set de datos, sin embargo son claras las diferencias entre los distintos grupos. Tanto en las medianas, como en los cuartiles 1 y 3 muestran una mayor conservación de los genes HKG respecto de los TSG. Dentro de cada grupo también se observan diferencias. En los HKG se observa una conservación decreciente desde los presentes en 4 métodos hasta los presentes en uno solo. También entre los tres niveles de TSG existen diferencias, siendo los de nivel 1 y 2 muy similares a nivel evolutivo, mientras que los de nivel 3 muestran una mayor conservación. Figura 4.6. Diferencias en el grado de conservación de los HKG (en azul) y TSG (en rojo). Los HKG presentan mayor conservación cuanto más restrictiva sea su selección. Se aprecia claramente que los HKG están más conservados en secuencia a lo largo de la evolución que los TSG. Figura 4.7. Porcentaje de genes presentes en distintos grupos de HKG y TSG con ortólogos en tres especies: ratón, gusano y levadura. Los HKG presentan mayor conservación cuanto más restrictiva sea su selección. Se aprecia de nuevo con este criterio que los HKG están más conservados que los TSG. 97
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Bioinformática aplicada a estudios
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